学校设有临床医学系、护理系、口腔医学系、医学技术系和基础医学部、公共学科部、社会科学部、成人教育部等八个教学系（部）；开设临床医学、口腔医学、护理、护理（英语方向）、助产、医学检验技术、医学影像技术、口腔医学技术、康复治疗技术、卫生检验与检疫技术、药学等11个专业及专业方向。

基础医学部成立于 2004 年 9 月 , 是我校最早建立的部系之一。现有人体解剖学与组织胚胎学、生理学、 生物化学、病理学、药理学、医学生物学、免疫学与遗传学等 7 个教研室，人体解剖学与胚胎学、病理解剖 2 个标本陈列室，以及形态学、机能学 2 个综合实验室和 1 个基础医学研究中心。 ^[6] 

临床医学系于 2004 年 9 月成立，设有内科学教研室（含传染病学）、外科学教研室（含五官科学）、妇产科学教研室、儿科学教研室、诊断学教研室、预防医学教研室（含心理与精神病学）、中医学教研室共7个教研室。 ^[7] 

口腔医学系成立于2006年8月，前身为创建于2001年的商丘市卫生学校临床教研室口腔教研组。现有口腔医学（本科，与新乡医学院联办）、口腔医学（专科）、口腔医学技术（专科）和口腔修复工艺（中专）等3个专业，口腔基础、口腔临床两个教研室。 ^[8] 

商丘医学高等专科学校医学技术系成立于2004年9 月，主要开设有医学检验技术和医学影像技术专业。 ^[9] 

护理系成立于2004年9月，主要开设护理专业。2000年以来相继与新乡医学院、河南大学护理学院、华中科技大学、郑州大学护理学院等高校联办成人本科、专科护理专业。