1996年，张宏德创办“中日友好医学院”。
1998年，山西“中日友好医学院”被评为山西省社会力量办学优秀学校。

1999年，山西“中日友好医学院”荣获山西省扬时代风帆、创宏图伟业——三晋改革之光杯。

2000年，山西“中日友好医学院”荣获山西省社会力量办学先进单位称号。

2001年，张宏德院长在驰名中外的风景区晋祠独立建校，占地162亩，使学院有了一个全新的环境。学校又购置了一大批教学仪器和模型，充实扩大了实验室，充分满足了学生实验、学习的需求。

2002年，山西“中日友好医学院”被评为山西省优秀高校。

2002年6月，山西医科大学与山西中日友好医学院强强联手、优势互补，经山西省人民政府批准，（晋政函[2002]118号）成立山西医科大学晋祠学院，为山西医科大学二级学院。

2003年，学院首次招录医学类本科生。

2004年，山西医科大学晋祠医学院被评为中国一流独立学院。

2004年，山西医科大学晋祠医学院被定为全国教育发展“十五”规划重点科研课题制定护理学科教研示范基地。

2004年3月，学院被国家教育部确认为公办独立学院（教发函[2004]42号），是山西省唯一一所医学类独立学院，具有独立法人、独立校园、独立财务、独立颁发文凭资格。

2005年，山西医科大学晋祠学院被中科院教育质量测评中心评为“社会满意学校”。

2005年，山西医科大学晋祠学院被定为教育调查“十一五”重点项目评为中国创新教育示范基地。

2003年至2005年，先后开设了临床医学、预防医学、麻醉学、法医学、口腔医学、药学、影像学、护理学、信息管理与信息系统、社会工作、公共事业管理、中药学、药物制剂、英语等14个专业。 

2006年起，学院对所招学生进行全程培养管理，专业设置主要有临床医学、护理学、口腔医学、信息管理与信息系统、社会工作、公共事业管理等6个专业。学院依托山西医科大学雄厚的师资力量，所有的医学专业教学课程由山西医科大学教务处安排并组织实施。

2006年，山西医科大学晋祠学院被评为“全国十佳办学单位”。

2009年，山西医科大学晋祠学院被评为“全国最佳独立学院”。

2009年，山西医科大学晋祠学院被评为“辉煌中国60年·先进教育单位”。

2009年，学院先后成立了自已的基础课教研室和体育课教研室，分别担负学院学生的英语课和体育课教学任务。

2010年，山西医科大学晋祠学院被授予“诚信办学社会满意明星学校”。

2011年，山西医科大学晋祠学院被太原市政府评为“绿化先进单位”。

2014年，学院在新一届领导班子带领下，厚积薄发，已成为一所多专业、多学制的高等医学院校。现设有临床医学系、护理学系、管理系和基础医学部，共开设临床医学、口腔医学、麻醉学、护理学、预防医学5个本科专业。该院以山西医科大学的教育教学资源为依托，教学实行统一管理，主要教学任务由山西医科大学教师担任。现有主讲教师439人，其中教授91人，副教授158人，讲师149人，助教41人，副教授以上职称教师占到56%，高素质、专家型的教师队伍为保障教学质量奠定了坚实的基础。

2014年8月5日，山西医科大学与希望教育集团签署合作举办山西医科大学晋祠学院协议。

2015年，该院拟规划建设新校区，占地面积800亩。

2016年8月前，新校区一期建设工程按5000人规模开始建设。 

2017年9月26日，山西医科大学晋祠学院在祁县乔家大院附近落成，首批1100名大学生开学入住。

2019年9月1日前，全部在校生入住新校区。

2020年年底完成10000人以上规模的新校区建设工程。

系部设置

该院是山西省唯一的一所以医学专业为主的独立学院，设基础部、临床医学、护理学、管理学等四个系部，共开设13个本科专业：临床医学、口腔医学、护理学、预防医学、麻醉学、法医学、医学影像技术、中药学、药学、药物制剂、公共事业管理（卫生事业管理方向）、社会工作、信息管理和信息系统（医药方向）。