1956年，内蒙古医学院成立，开始招收本科生，是中国在少数民族地区最早建立的高等医学院校之一，隶属于国家卫生部。 [5] 

1958年，学校划归内蒙古自治区管理。 

1978年，学校开始招收研究生。

1981年，学校获得硕士学位授权资格。

1982年，内蒙高教局批准该校正式成立校级学位评定委员会。

1986年，学校在教务处内设立研究生科，配备了专职人员，从此研究生教育开始了规范化教育阶段。 

1998年，学校成立了研究生处级建制单位，教务处原研究生科的管理职能划归研究生处，同时撤消研究生科。

1999年，学校获得同等学力人员申请硕士学位的授权资格。

2001年，学校机构改革，研究生处改制为研究生部并划为业务职能部门。

2003年，学校获准成为临床医学硕士专业学位培养单位。

2004年，学校成立了研究生学院同时撤消了研究生部，属于二级教学单位。

2007年，学校顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估，被评为“优秀”等次。

2009年，学校获准成为口腔医学硕士专业学位培养单位。被内蒙古自治区政府确定为自治区博士学位授权立项建设单位。

2012年3月，经教育部批准，内蒙古医学院正式更名为内蒙古医科大学。11月，入选教育部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，承担“3+2”三年制专科临床医学教育人才培养模式改革试点。

2013年5月，内蒙古医科大学中医附属医院、蒙医附属医院、中医临床医学院和蒙医临床医学院成立。6月，学校入围中西部高校基础能力建设工程。

2015年4月，学校入选国家卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校，承担“中医学五年制本科人才培养模式改革”试点项目。 

2016年10月，学校成立内蒙古医科大学马克思主义学院。

2017年10月，经内蒙古教育厅批准，学校成为按需推荐新增博士学位授予单位  ，在国家卫生计生委和国家教育部、自治区人民政府的大力支持下，三方联合签发了《内蒙古自治区人民政府国家卫生计生委教育部关于共建内蒙古医科大学的意见》，标志着学校正式进入全国省部共建高校行列。

院系设置

截至2017年4月，学校设有基础医学院、药学院、中医学院、蒙医药学院、公共卫生学院、口腔医学院、卫生管理学院（自治区卫生政策研究所）、外国语学院、计算机信息学院、护理学院（卫生技术学校）、马克思主义学院、实践教学部、体育教学部、研究生学院、国际教育学院（对外合作与交流中心）、继续教育学院等15个教学单位，有3所直属附属医院（内蒙古医科大学附属医院、内蒙古医科大学第二附属医院、内蒙古医科大学附属人民医院）、4所非直属附属医院，8所临床医学院，开设31个本科专业。