其前身可追溯到1909年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科。

1911年，以船政科为基础创办邮传部上海高等商船学堂。

1912年，改名为吴淞商船学校。

1929年，经停办后正式复校，定名为交通部吴淞商船专科学校。

1950年，中央人民政府交通部决定，交通部吴淞商船专科学校与交通大学航业管理系正式合并，成立上海航务学院。解放前，中国高等航海教育历尽艰辛，几度中断。解放以后，高等航海教育得以迅速发展。

1953年，由上海航务学院、东北航海学院（前身为国立辽海商船专科学校，系由1927年东北航警处创办的东北商船学校演变而来）、福建航海专科学校（成立于1952年，与爱国华侨陈嘉庚先生创办的集美学校有着较深的历史渊源）合并成立大连海运学院，时为我国惟一的高等航海学府。

1960年，大连海运学院被确定为全国重点大学。

1963年，周总理亲自批示大连海运学院航海类专业学生实行半军管。

1983年，联合国开发计划署（UNDP）和国际海事组织（IMO）在学校设立了亚太地区国际海事培训中心。

1985年，世界海事大学在学校设立分校。

1994年，经国家教委批准，学校更名为大连海事大学，江泽民同志亲笔为学校题写了校名。

1997年，被国家批准进行“211工程”重点建设。

1998年，学校的质量管理体系通过国家港务监督局和挪威船级社（DNV）的认证，成为该国第一所获得ISO9001质量管理体系认证证书和DNV三个认证规则证书的大学。

2000年12月，交通部所属大连海运学校并入大连海事大学。

2004年，学校顺利通过了教育部专家组对学校本科教学工作水平的评估检查，并获得优秀。

2006年，交通部、教育部、辽宁省、大连市就支持加快大连海事大学的建设和发展，进一步提升学校的综合实力和办学水平，达成了共建协议。

2009年，学校成功举办了“中国高等航海教育暨大连海事大学建校100周年”纪念活动，李长春、张德江、刘延东、陈至立等党和国家领导人向学校致信或题词祝贺，刘延东、陈至立等党和国家领导人分别视察了学校。

2011年5月，被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”。

2016年3月22日，中华人民共和国交通运输部党组书记、部长、部全面深化改革领导小组组长杨传堂主持召开深改组专题会，审议并原则通过《大连海事大学综合改革方案》。

2017年，学校进入国家“一流大学和一流学科”建设高校行列。通过不断地建设和发展，学校在办学规模、办学层次等方面已居于世界同类院校前列。

2018年10月，国家国防科技工业局与交通运输部联合发文，确定共建大连海事大学。

组织机构

截至2018年，大连海事大学有21个二级院系部，开设本科专业50个。

附属单位