1947年5月4日，创建关东医学院，是中国共产党为适应人民解放战争和新中国建设对医学人才的急需在解放区创办的第一所正规医科高校，大连市立护士学校并入关东医院，更名为关东护士学校。

1949年，关东医学院与大连工学院并入新成立的大连大学，成为大连大学医学院，关东护士学校更名为大连大学附属关东医院附设护士学校。

1950年，大连大学撤销后独立成立大连医学院，正式成为五年制医科高校，大连大学附属关东医院附设护士学校更名为大连医学院附设卫生学校。

1955年，开始研究生教育。

1965年8月，根据三线建设的需要，卫生部决定大连医学院全部南迁。

1965年底，经中央批准，决定南迁贵州省遵义市，成立遵义医学院，大连医学院附设卫生学校停止办学。

1978年，大连医学院迁移原址大连，恢复研究生招生。

1983年，大连医学院附设卫生学校复办招生。

1984年，丹东市卫生学校改建大连医学院丹东分院。

1994年1月，经国家教委批准，学校正式更名为大连医科大学，大连医学院丹东分院更名大连医科大学丹东分校。

1999年7月，经辽宁省计划委员会、教育委员会批准，成立大连医科大学分校。

2000年，大连医科大学丹东分校参与组建丹东职业技术学院。

2001年11月，建立了大连医科大学附属口腔医院。

2003年，大连石化医院并入大连医科大学。

2005年，沈阳铁路局大连医院并入大连医科大学。

2004年3月，经教育部教确认大连医科大学分校为独立设置的大连医科大学中山学院。

2007年8月，学校搬迁至旅顺新校园，新校园位于辽宁省大连市旅顺南路西段9号。

2011年，大连市友谊医院正式命名为大连医科大学附属大连市友谊医院。12月，大连医科大学附属大连市中心医院正式挂牌。

2012年9月5日，学校将护理学系和附属卫校合并成立护理学院。

2013年2月，大连市儿童医院正式揭牌成为大连医科大学附属大连市儿童医院。5月，入选中西部高校基础能力建设工程。7月，入选教育部首批来华留学示范基地高校。10月，入选教育部、卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，承担五年制临床医学人才培养模式改革试点。

2017年1月，大连医科大学入选辽宁省一流大学重点建设高校。

院系设置

截至2018年4月，学校有23个教学、科研单位，19所附属医院（3所直属附属医院），本科专业23个。