清宣统二年（1910年），学校在私立淮西中等学堂旧址（今汝南县城关）创建，校名为汝宁府中等实业学堂。
清宣统三年（1911年），学校改称汝宁府官立甲种农业学校。
1938年—1945年，抗日战争期间，学校先后迁至南阳镇平县、邓县、驻马店正阳县莲花寺等地。其中，于1939年、1945年两次迁回汝南。
1951年，学校更名为汝南农林中等技术学校。
1953年，学校更名为信阳农业学校。
1956年，学校迁至信阳市。
1958年，学校更名为信阳农业专科学校，内设专科和中专两部。
1977年，学校更名为信阳农学院。
1978年，学校更名为信阳农业学校（大专班）。
1984年，学校更名为豫南农业专科学校。
1992年，学校更名为信阳农业高等专科学校。
2004年，学校新建羊山校区。
2008年，信阳林业学校并入信阳农业高等专科学校，成立南湾校区。
2011年，南湾校区迁入羊山校区。 
2013年4月，教育部同意在信阳农业高等专科学校基础上建立信阳农林学院，升格为本科层次的普通高校。