1996年5月，学校新校园开工奠基仪式在商丘市东郊举行。
1998年8月，在商丘广播电视中专基础上学院提高办学层次，更名为商丘科技专修学院。
2001年，学院正式开始申办高职院校。
2002年12月，获批成立商丘科技职业学院。
2004年9月，全院搬迁至新校区上课。
2007年12月，学院第一次升本工作接受考察评审，因毕业生届数不够，审核未能通过。
2009年4月，原外交部部长李肇星接受担任学院名誉院长。
2011年5月，学校正式升格为本科院校建制的商丘工学院。

截至2009年12月，学校荣获“中国教育诚信、管理、质量AAA级高校”、“全国十一五教育科研先进单位”、“全国绿化模范单位”、“河南省优秀普通高等院校”、“河南省高等教育特色学校”等荣誉称号。学校办学特色先后被中央电视台、《中国青年报》、《中国教育报》、《消费日报》、《教育时报》、《河南日报》、河南电视台、《商丘日报》、商丘电视台等多家媒体宣传报道。