1999年3月12日，经教育部批准，成为山东省第一所具有学历教育资格的民办普通高等学校：民办山东万杰医学高等专科学校，列入计划内招生，由山东省教育厅管理。
2002年7月18日，经山东省民政厅批准，更名为“山东万杰医学高等专科学校”。
2003年4月，新建教学楼验收并搬迁。
2005年，通过山东省普通高等学校校园文明建设检查评估；被陈香梅教科文奖办公室、中国成人教育协会授予“中国民办教育创新与发展贡献奖”。
2006年7月，中共山东省委高等学校工作委员会授予学校“文明校园”称号。
2008年4月9日，经教育部批准，升格为普通本科高等学校：山东万杰医学院，由山东省教育厅负责教育业务管理。 
2008年12月，被山东省人民政府直属大型国有企业山东省商业集团有限公司接管，成为社会力量办学范畴中的“国企公有高校”。
2009年，确定新校训“允理允能、精益求精”和“以学生发展为本”的办学理念。 
2011年，学校“国家奖助学金”由山东省财政厅直接管理，学校财政实现省直属。
2012年，被评为“山东省依法治校示范学校”。
2013年，被团中央授予全国“大学生志愿服务西部计划优秀等次高校项目办”。
2014年4月，获批成为“山东特色名校工程”立项建设单位。
2015年4月2日，经教育部批准，正式更名为“齐鲁医药学院”。