1978年2月，学校升格为医学类本科院校并更名为泸州医学院。首届4年制本科生进校。
1982年，学校获得学士学位授予权。
1983年，时任中共中央总书记胡耀邦来院视察。
1992年，中医学专业（中西医结合方向）在国内率先开始了中西医结合5年制本科教育的探索与实践。省内首创的麻醉学专业专科正式招生。
1993年，学校经国务院学位委员会批准成为硕士学位授权单位，生理学和中西医结合临床（内科）获硕士学位授予权。
1998年，四川省教育委员会批准学校为有资格招收短期外国留学生学校。10月，学校通过教育部本科教学工作合格评价。 
2000年，国务院学位办正式批准学校开办同等学力人员申请硕士学位教育。
2001年，学校开始联合培养博士和中医师承博士。11月，学校城北校区正式投入使用。
2003年，国务院学位委员会批准学校为新增临床医学硕士专业学位研究生培养单位，批准学校新增6个二级学科硕士学位授权点；同年获学历教育留学生招生资格，先后开展学历教育本科和留学生研究生培养工作。
2004年，病理学与病理生理学、生理学、内科学（心血管病）被列为四川省第四批重点建设学科。停止专科招生。
2006年，学校通过教育部本科教学工作水平评估并被评为优秀等级；国务院学位委员会批准学校新增2个一级学科（中西医结合、中药学）和9个二级学科硕士学位授权点。
2010年，人力资源和社会保障部、国家博士后管理委员会批准在心血管医学研究所设立博士后科研工作站；国务院学位委员会批准新增中药学一级学科专业硕士授权点；学校成为西部地区首批免费定向医生培养的主要高等院校。 
2011年，4个学科获批为一级学科硕士学位授权点；与浙江大学签署协议联合招收和培养心血管专业博士后研究人员。
2012年，学校入选第一批国家级“卓越医生教育培养计划”项目试点高校。
2013年，学校获招收本科临床医学专业（英语授课）来华留学生资格；入选第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。
2014年，学校牵头组建的“心血管疾病防治协同创新中心”成为第二批“四川2011协同创新中心”；学校“医学电生理学省部共建教育部重点实验室”建设项目通过教育部验收。
2015年，学校博士后科研工作站顺利通过国家评估，学校培养的首批博士后正式出站；同年获批成为卓越医生（中医）教育培养计划项目试点高校。
2015年4月28日，教育部正式批准升格为多科性本科院校并更名为四川医科大学。
2015年6月，因四川大学华西医学中心部分海外校友以“川医大”简称可能混淆华西前身原“四川医学院”的“川医”简称为由，促使四川大学向教育部提出行政复议申请。经多方反复协商，最后各方形成“承认四川医科大学办学历史，将四川医科大学平稳过度更名为西南医科大学”的一致性意见：过度期间，在校学生可自主选择四川医科大学或西南医科大学毕业证；同时四川大学将对西南医科大学给予学科建设，人才培养等方面的支持。
2015年12月14日，教育部正式批准学校更名为西南医科大学。