学院前身是1958年建立的南京医学院徐州分院。

1959 年新海连医学专科学校并入，

1960年，经江苏省人民政府批准，正式定名为徐州医学院。

1985年开始硕士研究生教育。

1996年开始相继与中科院上海药物所、大连医科大学和中国科技大学联合培养博士生。

2000 年，徐州卫生学校并入徐州医学院。

2005 年 ，学校以“优秀”成绩通过了国家教育部本科教学工作水平评估。

2013年，学校成为博士学位授予单位。

学术研究
科研成果
截至2013年12月，学校获各级各类科研课题1367项，课题经费 6587.84 万元，其中国家自然科学基金资助 162项，重点项目3项，其他省部级以上课题近100项。获卫生部科技进步三等奖3项，省部级科技进步奖48项；近3年共发表论文2909 篇，其中中文核心期刊发表论文595篇，被 SCI、EI、CPCI-S论文收录近600篇，单篇论文最高影响因子达 7.535 。2007年，学校有2篇论文入选中国科学技术信息研究所发布的第一届“中国百篇最具影响优秀国际学术论文”，是全国唯一一所有2篇论文同时入选的独立设置的医学院校。获国家科技进步奖二等奖和自然科学奖二等奖2项，省级科技进步奖一等奖、省级教学成果奖特等奖等38项省部级成果奖。

科研机构
截至2013年12月，学校拥有省级重点实验室和科研平台5个，省级研究所10个。

江苏省麻醉学重点实验室

江苏省脑病生物信息重点实验室

江苏省麻醉与镇痛应用技术重点实验室

江苏省肿瘤生物治疗重点实验室

江苏省肿瘤生物治疗工程实验室

江苏省麻醉医学研究所

徐州医学院肿瘤防治研究所

徐州医学院心血管病研究所

徐州医学院生殖遗传研究所

生物化学与分子生物学研究中心

徐州医学院造血干细胞移植中心

徐州医学院神经生物学研究中心

徐州医学院新药及临床应用研究中心

徐州医学院统计分析中心

徐州医学院神经精神病学研究中心

学术资源
《徐州医学院学报》创刊于1979年，16开，季刊，限国内发行；1986年始交邮局公开发行，仍为季刊，16开；1997年改为双月刊；1998年改为A4开本，仍为双月刊。学报自创刊至今，始终按照党的出版工作方针出刊，注重内涵建议，紧紧围绕提高学报质量这个中心，瞄准学院省重点学科 “ 麻醉学 ” 和 “生物化学” ，开辟专栏，全面报道学院医学科学研究状况。

在省、市及全国举行的各种评比中连连获奖，特别是2004年获得教育部科技司颁发的“优秀编辑出版质量奖”，2005年获中国高等学校自然科学学报研究会颁发的“高校科技期刊先进集体”荣誉称号。

该刊为国家科技部确定的中国科技论文统计源期刊，中国科技核心期刊，是首批进入《中国科技期刊（光盘版）》的成员期刊，并为美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）以及《中国科学引文数据库》（CSCD）、《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国生物医学文献光盘数据库》（CBMdisc）、《中文生物医学期刊文献数据库》（CMCC）等收录。多次在教育部及教育厅组织的期刊评比中获奖。

截至2014年，图书馆拥有纸质图书35.5万册、电子图书约45.6万册；中文期刊全文数据库2个，收录9000余种中文期刊；优秀博硕士论文数据库1个；外文全文期刊数据库3个，收录外文期刊总数8201种，其中50%为自然科学期刊，其中医学期刊1774种。二次文献数据库3个，自建馆藏外文期刊全文数据库、本院硕士论文数据库和随书光盘数据库。自建视听网站，收藏医学视听教材1200余种，外文英语视听教材近万个教学单元，网上资源24小时开放。

办学条件
院系设置
截至2013年12月，学院设有12个系（部、院）。学校本科专业已经发展到临床医学、麻醉学、医学影像学、药学、口腔医学、护理学、生物医学工程、公共事业管理、医学信息学等20个专业，涵盖了医、理、工、管4个专业门类。

临床医学系麻醉学系医学影像学系药学系公共卫生学系护理学系基础医学部社会科学部研究生部体育部临床学院成人教育学院