1987年，江西水利专科学校更名为南昌水利水电专科学校，成为水利电力部直属院校。
1992年，学校更名为南昌水利水电高等专科学校 ，是国家教育部全国示范性高等工程专科重点建设院校。
1998年，开始与南昌航空工业学院（现南昌航空大学）联合培养本科生。
2000年，学校在管理体制上从水利部下放到地方，由江西省人民政府来管理。  
2003年6月24日，江西省政府召开常务会，通过决议，在南昌水利水电高等专科学校的基础上设置南昌工程学院。

南昌工程学院位于江西省省会南昌，南昌工程学院前身为创建于1958年的江西水利电力学院，后更名为南昌水利水电高等专科学校，2004年升格为本科院校，更名为南昌工程学院。

南昌工程学院的水利工程、管理科学与工程、工程硕士被批准为硕士学位授权点。其中水利水电工程学科是江西省重点学科，其中水利水电工程专业是国家级特色专业，也是学校的优势专业。