• 浙江医学专门学校

1912年，浙江医学专门学校成立。

1913年，更名为浙江省公立医药专门学校。

1927年8月，更名为浙江省立医药专门学校。

• 浙江省立医药专科学校

1931年8月，更名为浙江省立医药专科学校。

1939年8月，更名为英士大学医学院。

1943年，重新复名为浙江省立医药专科学校。

1947年6月，更名为浙江省立医学院。

• 浙江医学院

1952年2月，与浙江大学医学院合并，更名为浙江医学院。

• 温州医学院

1958年8月，浙江医学院从杭州分迁部分员工、设备和图书来到温州，成立“浙江第二医学院”。10月，以校址所在地改名为温州医学院，开始招收五年制本科学生。

1978年，学校开始招收硕士研究生。

2001年，浙江省温州卫生学校并入。

2007年，被教育部批准为首批招收本科临床医学专业（英语授课）来华留学生的高等学校。

2011年，获批接受中国政府奖学金来华留学生。

2012年11月，温医获批成为第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，承担“五年制临床医学人才培养模式改革试点”和“农村订单定向免费医学教育人才培养模式改革试点”两项改革试点项目。

• 温州医科大学

2013年4月18日，教育部复函浙江省人民政府，同意温州医学院更名为温州医科大学。7月，学校入选国家首批临床医学研究生培养模式改革试点高校。

2015年4月，学校成功入选国家卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校，并承担中医学五年制本科人才培养模式改革试点项目和面向基层的中医全科医学人才培养模式改革试点项目。9月，学校成为浙江省人民政府、国家卫生和计划生育委员会和教育部共建高校。

2016年5月，台州市妇女儿童医院更名为温州医科大学附属台州妇女儿童医院，原环境与公共卫生学院和人文与管理学院合并组建公共卫生与管理学院。9月，学校入围国家外专局公布的新一批“高等学校学科创新引智计划”高校名单。11月，新昌县人民医院正式成为学校非直管附属医院筹建单位。

折叠院系专业

截至2017年4月，学校设有15个二级学院，有5所附属医院，在浙江省设有19所非直管附属医院（临床学院），开设26个本科专业，2个专科专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。