1956年根据中央部署由上海第一医学院分迁来渝组建上海第一医学院重庆分校，后独立成立重庆医学院。

1958年9月，重庆医学院医务委员会成立，其职责是领导全院教学、医疗、科研和行政。

1959年7月，学院召开了第一次全体党员大会，商讨了教学的主导地位。

在文革中，重医教学工作受到了巨大冲击，但广大教职员工仍取得一定的成绩。

1970年7月至1972年7月，学院受成都军区委托举办军医培训班，培训解放军学员307名。

1972年-1976年，学院招收了5届3年制工农兵学员共2113人。

1975年4月，学院又开办“社来社去”试点班，学制2年，学员50名。

1985年，重庆医学院经教育部批准更名为重庆医科大学，曾先后隶属于卫生部、四川省人民政府、重庆市人民政府。

1988年10月，学校召开了首届教职工代表大会。

1997年5月，学校由四川省教委划转至重庆市教委，各附属医院也由四川省卫生厅划转至重庆市卫生局。

2001年5月，学校启动新校区选址工作，最后决定落户沙坪坝区。

2001年6月，教育部确定由华中科技大学对口支援重庆医科大学。

2002年，重庆职工医学院、重庆中医学校并入重庆医科大学分别组建应用技术学院和中医药学院。

2003年起，先后建立3个省部共建国家重点实验室。

2008年，教育部、重庆市《部市战略合作协议》确定学校为重点建设大学。

2015年11月5日，重庆市人民政府、国家卫生计生委、教育部联合印发《关于共建重庆医科大学的意见》，标志学校成功获批为国家卫生计生委、教育部和省级政府首批共建的地方医科大学，正式跨入“省部共建”高校行列。

2017年6月4日，重庆医科大学医渡云医学数据研究院正式揭牌成立，这是国内高校首个针对医学大数据分析研究建立的二级学院。

办学条件

师资力量

截至2018年5月，学校现有“973”首席科学家2人、 国家“千人计划”专家7人、“长江学者”6人、国家“百千万人才工程”人选9人，以及国务院“政府特殊津贴”获得者、“卫生部突出贡献中青年专家”、“国家杰出青年科学基金”获得者、“国家优秀青年科学基金”获得者、教育部“新世纪优秀人才支持计划”人选、重庆市“两江学者”、“首席专家工作室领衔专家”、学术技术带头人等高层次人才逾百人。教师总数2220人，其中高级专业技术人员1340人。博士生导师239人。现有5个博士后科研流动站。

国家优秀教学团队

儿科学国家优秀教学团队

临床医学国家优秀教学团队

院系设置