1947年2月，华东军区·第三野战军卫生部医学院（简称华东医学院）在山东省沂源县曹庄成立。华东野战军卫生部部长崔义田、副部长李振湘兼任正、副院长。教师是从部队选调受过高等医学教育并有一定实践经验的医务干部和从敌战区来参加革命的医学专家。当时有学员61人，多为沪、宁、苏、鲁等地奔赴解放区的知识青年。学院成立后，在艰苦的战斗环境中，随军辗转鲁、冀、豫、皖、苏五省和上海市，坚持医学基础理论教育和战场救治。 

1949年1月，淮海战役胜利结束后，华东军区兼第三野战军党委决定招生办学。当年3月。由第三野战军前方卫生部和华东医学院抽调干部组成招生组，在江苏省扬州市设立华东医务干部学校，不久改名为华东医学院，共招收新生800余人。同年6月，学院迁至江苏省苏州市沧浪亭。 [9] 

1949年5月，上海解放，上海市军事管制委员会军事接管委员会派员进驻上海江湾区五角场原国民党国防医学院，接管了该院校舍和国民党联勤第二总医院的全部设备及院长等工作人员475人。随即，华东军区后勤卫生部遵照华东军区司令员陈毅的指示，派向进等组成了华东军区人民医学院筹备处，通知招收未随国民党国防医学院去台湾的爱国教师和医生，并陆续从地方延聘一些知名教授专家，组成师资队伍。同时将国民党联勤第二总医院改编为附属医院。当年8月，华东医学院全体师生员工从苏州迁来上海，与人民医学院筹备处和华东军区后勤卫生部医务干部轮训队、华东野战军卫生部医学院干部和学员合并。 

1949年9月12日，华东军区人民医学院正式成立并举行开学典礼。由崔义田、李振湘兼任正、副院长，向进任教育长。学院隶属于华东军区后勤部。 

1950年10月，中央军委命令，将医学院命名为中央人民政府人民革命军事委员会上海军医大学，隶属于中国人民解放军总后勤部，华东军区政治部主任舒同题写了校名。 

1951年7月9日，学校正式定名为第二军医大学。 

1954年，制定了军医和药学专业新的教学计划和大纲，并完善了办学体系。

1955年，创办了卫生勤务学系。

1960年，增设了海军医学系。

1961年，开始承担外军医学留学生培训任务。

1964年初，陈毅元帅为学校题写了校名和校刊的刊名。 

1969年8月29日，“文化大革命”期间，军委办事组批准总后勤部党委《关于医科院校调换校址的报告》，第二军医大学于当年10月奉命迁至陕西省西安市长乐路第四军医大学原校址。

1975年7月，学校经中央军委批准迁回上海原址。 

1969年10月，学校奉命搬迁到西安现第四军医大学校址。

1981年11月，经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。 

1997年，学校成为国家“211工程”重点建设院校。

1999年，海军医学高等专科学校并入第二军医大学。入选国家“211工程”以来，学校教、医、研等各项工作得到了快速发展，并以优秀成绩通过了国家“211工程”三期、军队“2110工程”二期和总后“530工程”一期验收。

2003年，学校获批全国首个护理学博士学位授权学科。

2012年，入选教育部卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。 

2016年，学校由隶属于原中国人民解放军总后勤部转隶中国共产党中央军事委员会训练管理部。

2017年6月，因军队改革，学校由军委训练管理部转隶海军，并更名为中国人民解放军海军军医大学，对外保留第二军医大学校名。9月，入围首批国家“双一流”世界一流学科建设高校名单。

2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医学院校科技量值报告》，中国人民解放军海军军医大学综合排名位列前10位。 

院系设置

根据2017年8月学校官网显示，学校设有训练部、政治部、校务部、科研部、研究生院5个部院机关，下辖基础医学部、海洋军事医学院、药学院、卫生勤务学系、护理学院、心理与精神卫生学系、热带医学与公共卫生学系、中医系、外训系、继续教育学院、研究生管理大队、干部轮训大队、学员旅、长海医院、长征医院、东方肝胆外科医院等单位。

截至2017年8月，海军医学系、卫生勤务学系、中医系均为全军唯一的专业系，外训系是全军唯一的医学留学生培养基地；开设了临床医学（八年制）、临床医学（五年制）、中医学（八年制）、中医学（五年制）、麻醉学（五年制）、药学、中药学、医学心理学、公共事业管理、生物技术、护理学等本科专业。 [16]