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1952年，吉林医药学院的前身是东北军区空军长春护士训练队。
1954年8月，更名为空军461医院附属高级护士学校。
1961年4月，更名为空军卫生学校。
1975年4月，改称空军军医学校，由长春迁址吉林市。
1986年10月，更名为空军医学专科学校。
1993年6月，更名为空军医学高等专科学校。
1996年起，学校与白求恩医科大学联合培养硕士研究生，1999年作为第四军医大学的分院独立开展研究生教育。
1999年5月并入第四军医大学。更名为第四军医大学吉林军医学院
2004年8月，学校整体移交吉林省，更名为吉林医药学院。
2013年，通过教育部本科教学工作合格评估。
截至2016年11月，学校开设有马克思主义学院（人文社科学院）、基础医学院、药学院、护理学院、公共卫生学院、管理学院、检验学院、生物医学工程学院、应用心理学院等9个教学院系。设有17个本科专业及专业方向，6个专科专业，涵盖医、理、工、管4个学科门类。
| 院系名称 | 本科专业 | 学制 |
| 马克思主义学院 | 应用心理学 | 四年 |
| 基础医学院 | 医学影像学 | 五年 |
| 预防医学 | 五年 | |
| 药学院 | 药学（临床药学方向） | 五年 |
| 药物制剂 | 四年 | |
| 医药营销 | 四年 | |
| 护理学院 | 护理学 | 四年 |
| 护理学（英语护理方向） | 四年 [3] | |
| 公共卫生学院 | 预防医学（营养与食品卫生方向） | 四年 |
| 生物医学工程 | 四年 | |
| 公共事业管理（卫生事业管理方向） | 四年 | |
| 食品质量与安全 | 四年 | |
| 信息管理与信息系统 | 四年 | |
| 管理学院 | 公共事业管理 | 四年 |
| 市场营销 | 四年 | |
| 检验学院 | 医学检验 | 四年 |
| 医学检验（临床输血方向） | 四年 | |
| 生物技术 | 四年 | |
| 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | 四年 |
| 学信息工程 | 四年 | |
| 应用心理学院 | —— | —— |
| 学校 | 专业名称 | 学制 |
| 吉林医药学院 | 口腔医学、药学、护理、医学影像技术、医学检验技术 | 三年 |
姓名 | 职务 | 任期 |
崔振北 | 校长 | 1977.10.11--1980.07.08 |
郭勤 | 校长 | 1980.07.09--1988.07.26 |
董树生 | 校长 | 1988.07.27--1996.06.19 |
张国民 | 校长 | 1996.06.20--2004.06.29 |
| 隋万林 | 校长 | 2004.07.05--2014.12.23 |
| 蔡建辉 | 校长 | 2014.12.23--至今 |
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