1958年春季，龙溪专员公署筹办师范大专班。5月，以龙溪师范专科学校名义招收中文科1班，挂靠于龙溪师范学校，学制2年。秋季续招中文、物理、数学3个班，学制均为1年。校舍、师资、设备、经费均依托龙溪师范专科学校，教材用高校课本加以压缩改编。当年，中共龙溪地委和龙溪专员公署组建综合性的漳州大学，由地委书记洪椰子兼任校长，委派张方为专职副校长，9月，经中共龙溪地委研究决定，在师范大专班的基础上成立漳州大学师范学院。

1959年春，经龙溪地委报请省教育厅核准，在原漳州大学师范学院的基础上建立漳州师范专科学校。漳州师范专科学校于今芗城区蝴蝶山兴建校舍，先后设有中文、外语（英语、俄语）、政教、物理、化学6个科，以培养初中教师为目标，1959年列入全省高等学校招生计划。师专学制原为2年，后提前1年毕业。从创办至1963年，共培养初中教师1181名。

1963年7月，经国务院批准，由漳州师范专科学校、厦门师范学院、泉州师范学院、南平师范学院合并建立福建第二师范学院，由张立任院长兼党委书记，与当时的福建师范学院形成福建省本科师范教育一南一北的格局。除4校未毕业学生575名并入续学外，新招4年制本科学生158名。二师院设中文、数学、英语3个系。初办时学生分散于漳州、厦门上课，次年集中到漳州。1965年秋季招生后学生达973名（含“社来社去”教学班），教职工339名（其中教学人员179名）。“文化大革命”中，学生停课闹“革命”。1969年，福建师范学院与福建第二师范学院合并。1972年，二师院裁撤，设备、财产划拨其他单位，校舍移作他用。二师院从创办到“下马”，共有毕业生1340名。

1978年，龙溪行署创办中学师资训练班，后改为师范大专班，由地区教育干部培训班承办，从当年高考考生中录取381名入学。师范大专班设中文、英语、政教、数学、物理、化学、体育7科，学制原为2年，后提前1年毕业。第二年，师范大专班改由龙溪师范学校承办。1980年，龙溪行署决定以师范大专班为基础创办漳州师范专科学校，经两年筹备，于1982年秋季开学并迁入新校舍（与漳州二中毗邻），学制3年。1983年6月，创办漳州师范专科学校得到了福建省人民政府正式批准。

1984年12月，福建省龙溪地区行政公署呈请福建省人民政府，拟以“漳州师范专科学校”为基础，恢复“福建第二师范学院，并建议改名为”漳州师范学院。1985年1月，福建省高等教育厅回复同意陇西地区行政公署的申请。同年3月，成立漳州师范学院筹备委员会。5月、7月、9月，福建省教育厅、福建省高等教育厅、福建省人民政府分别呈请国家教委要求恢复福建第二师范学院，改名为漳州师范学院。1986年6月，经国家教育委员会批准正式复办福建第二师范学院，并更名为漳州师范学院，规模为学生3000人。方毅副总理为学校题写校名，与福建师范大学形成福建省 “一南一北”的本科教师教育格局。为适应中学教育发展需要，漳州师范学院招收4年制本科生和3年制专科生，设中文、数学、英语、物理、化学等系、科。

1992年学校获得学士学位授予权。2000年学校顺利通过国家教育部首批师范院校本科教学工作合格评估。2003年顺利通过国务院学位委员会第九次新增硕士学位授予单位整体条件评估，获得硕士学位授予权。2005年，学校本科学位与四级英语脱钩。2007年，被列为福建省重点建设高校。2008年以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。2009年以唯一一所两轮满票的成绩通过全国教育硕士专业学位教育指导委员会的专家评审，获教育硕士授予权，[6]同年被授予首批“福建省高校毕业生创业培训基地”，12月16日，学校与永安市正式签订协议共建附属中学。

2012年，学校获“闽南文化与两岸交流研究人才培养项目”服务国家特殊需求博士点，同年与芗城区人民政府共建附属小学，并获准开展同等学力人员申请硕士学位工作及本科专业招收港澳台地区学生。2012年11月11日，学校与漳浦县人民政府联合创办的漳浦石化学院在漳浦县金浦教育园区奠基。2013年2月25日，学校与东山县人民政府正式签约合作共建东山旅游学院。同年4月，教育部复函福建省人民政府，同意漳州师范学院更名为闽南师范大学。

2016年9月，经福建省政府同意，漳州农业学校并入闽南师范大学  。

2018年1月，学校新增为福建省2018-2020年博士学位授予培育单位立项建设名单。

学科建设

截至2018年6月，建立了4个一级学科硕士授予点，30个二级学科硕士点，5个硕士专业学位授权点，4个博士人才培养方向。

学校建有1个省级特色重点学科（中国语言文学），4个省级重点一级学科（中国语言文学、数学、化学、心理学），6个省级重点二级学科（中国古代文学、应用心理学、文艺学、基础数学、分析化学、计算机应用技术）。

学院专业

• 学院设置

截至2018年6月，现有18个教学院系，全日制在校本科生、研究生20300余人。设有62个本科专业。

• 专业及专业方向建设

截至2014年3月，学校共有本科专业60个、闽台合作本科专业6个。同时，学校还开设了43个成人高等教育专升本专业（含函授、业余）、高等教育自学考试学前教育专本科专业、西南大学网络教育专本科专业以及西南大学成人高等教育（函授）专本科专业。

师资力量

截至2018年6月，现有专任教师1167人，其中具有高级职称的524人，占44.9%；具有博士学位的309人。教师中享受国务院政府特殊津贴2人，闽江学者9人，“教育部新世纪优秀人才支持计划”1人，“福建省自然科学基金杰出青年人才项目”4人，福建省“百人计划”1名，省百千万人才工程8人，“福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划”27人，“福建省高校杰出青年科研人才培育计划”30人，另有省级以上优秀专家、教学名师、师德之星等40余人。