1951年，经昆明市卫生局批准开办昆明中医进修班。

1953年3月，在昆明中医进修班基础上，经上级批准，成立昆明中医进修学校，专门承办中医进修班。校长由昆明市卫生局副局长王之翰兼任。

1953年，昆明中医进修学校划归云南省卫生厅领导，校址迁至昆明市三合营原13号。

1957年1月，校址迁至昆明高峣办学，王天顺任校长。同年增设 "中医师资班"、"针灸师资训练班"、"中药调剂班"、"麻风防治干部训练班"和"卫生干部文化班"。

1958年7月1日，昆明中医进修学校更名为云南省中医学校，校址迁至昆明市平政街41号

1958年，学校增设"保育训练班"和两年制"西医离职学习中医研究班"，王多海担任校长，吴佩衡担任副校长，后由吴佩衡担任校长，王多海任党总支书记兼副校长。

1960年5月，云南中医学院正式挂牌成立，吴佩衡任首任院长。

1962年初，由于国家处于经济困难时期，云南中医学院面临停办危机。在周恩来总理的关怀下，云南中医学院得以保留。

1964年2月，学校校址迁至白塔路6号(原昆明第一卫生学校校址)，占地30亩。

1971年至1976年，累计毕业三年制中医专业学生630人。

1987年9月12日，经上级批准，在昆明市官渡区关上镇双桥乡征地109亩，扩建学校。

1992年2月，中药系由白塔校区搬到关上校区办学，关上新校区正式启用。

1997年，学校党政部门全部搬到关上校区办公，自此关上校区成为校本部。

2005年，经上级批准，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩进行校区建设。

2008年9月10日，呈贡新校区一期工程建成并投入使用，首批1750余名师生正式入驻新校区。

2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3000余人及教职员工近600余人正式入驻呈贡新校区。

2010年11月20日，学院在呈贡校区隆重庆祝建校50周年庆典活动。

2018年12月11日，云南中医学院发文确认，该校正式更名为"云南中医药大学"。

    院系设置 　　

2014年7月学院官网显示，学校设有11个院系及医学实验技术、中药学、中药资源与开发、中草药栽培与鉴定、食品科学与工程和食品质量与安全、中医学、中西医临床医学、护理学、针灸推拿学、康复治疗学、市场营销、公共事业管理、应用心理学、物流管理、药学、制药工程、药物制剂、中医学(傣医学方向)、中医学(中医美容方向)、计算机科学与技术共计20个本科专业。

  
现任校长 熊磊
云南中医学院学校国际代码 ：10680
云南中医学院毕业证编号（电子注册号） 编号规则 : 98年前编号编写没有规则 ，2000-2002年为17位，2003年以后为18位。
 前5位 （学校代码）.6位为办学类型代码 普通高等教育为1； 博士为2；硕士为3；学士为4；成人高等教育为5；高等教育自学考试(如自学考试编号：6开头)和高等教育学历文凭考试为6；网络教育为7。7-10位：为颁证年份. 11-12位：为培养层次代码：博士研究生01；硕士研究生02；学士学位04；本科05；专科（含高职）06 ,13-17或18位：为学校对毕业证书的流水编号。
云南中医学院毕业证编号 （电子注册号）示例 :10680 1 2006 05 003809
云南中医学院毕业证分类、打印规则、相片要求、签名章：
统招毕业证书：97年以前全是手写的,97年以后，陆续打印。相片从98以后，全部是彩色。成人教育毕业证书：2001以前，全部手写，相片黑白，2001年后，全部打印，相片彩色 。 自考毕业证书:2003以前自考,发证机关,都是省教委发放的样本。2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景， 06,07年以后才要求是蓝色背景。校长签名章的种类从外形上区分有二大类,即方章,条章,八十年代九十年代基本上都是方章,二千年左右开始出现条章,现在校长签名章是方章条章并存!校长签名章在使用时候又分红蓝两种颜色,八十年代九十年代基本上都是红色,二千年左右开始出现蓝色,现在蓝色使用多过红色了! 
学位证书按学科的门类分类为：哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学。
云南中医学院学位证书编号规则: 
普通博士、硕士、学士学位证书（以下简称三级学位证书）编号调整为16位数：前五位为学位授予单位代码；第六位为授予学位的级别，博士为2，硕士为3，学士为4；第七至第十位为授予学位的年份，如：2006年为 2006 ；后六位为学位授予单位授予学位人员的顺序号码。具有研究生毕业同等学力人员所获学位证书的编号，在起始位置用 "T" 与其他学位证书加以区分，后续编号方式与普通三级学位证书编号相同。总位数为17位。2006年以前的学位为12位，前面五位为学校国标代码，后两位为年分，比如2005年为05以此类推。
库存全国各地大中专院校的历年毕业证原版样本。存有历任校（院）长 校长签名章样本。