安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班(学校)。

1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。

1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。

1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。

2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。

2005年以良好成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。

2009年学校以优异成绩全国第三家通过国家教育部中医学专业试点认证。

2011年，安徽省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。

2013年，经中国教育部批准，安徽中医学院升格更名为安徽中医药大学 。

2014年，学校成为安徽省高等教育振兴计划第二批"地方特色高水平大学建设"项目立项建设高校。

师资力量

截至2014年12月，学校有教职工2500多人(含两所附院)，其中副高以上职称人员500余人。国医大师1人，皖江学者·讲席教授2人，博士生导师22人，硕士生导师333人;享受国务院特殊津贴35人、省政府特殊津贴5人;安徽省学术与技术带头人、后备人才18人;国家名老中医学术经验项目指导老师26人;国家级教学团队2个、省级教学团队2个。有来自中国国内外的56名知名专家学者担任该校客座教授。

安徽中医药大学是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业(安徽)基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地、硕士研究生推荐免试单位。2005年以良好成绩通过国家教育部本科教学工作水平评估，2009年学校以优异成绩通过国家教育部中医学专业试点认证。

• 质量工程

截至2014年12月，学校有国家教育部高等学校特色专业5个、省级特色专业3个、安徽省教学改革示范专业4个，1门国家级精品课程、16门省级精品课程。有2个国家级精品资源共享课程，1个国家级实验实训示范中心，3个省级实验实训示范中心，1个省级人才培养创新试验区。

2009--2014年，学校先后获国家级、省级质量工程项目100余项，国家级教学成果奖2项、省级教学成果特等奖2项、一等奖7项。学校还举办了新安医学教改实验班，在临床专业建立客观化结构考试中心。

截至2014年12月，学校有3所直属附属医院(第一附属医院、第二附属医院、第三附属医院)、4所非直属附属医院。

其中第一附属医院是全省最大的三级甲等综合性中医医院;第二附属医院是全国首家三级甲等针灸专科医院;第三附属医院是国家第三批重点建设的中西医结合医院，神经病学研究所附属医院是一所以"肝豆状核变性诊治"为优势的专科医院，国医堂是一所为广大患者以纯中医方式为主要医疗手段的医疗单位。

合作交流

截至2014年12月，学校与美国、澳大利亚等26个国家和地区的41个医疗和教育机构建立了友好合作关系。1994年获准招收国外留学生，先后有20多个国家和地区的学员来校攻读硕士、学士学位以及临床研修。与美国、瑞典、新加坡、日本、韩国及港澳台地区的院校开展学者互访和学生交流活动。

此外，学校与黄山、亳州、绩溪、舒城等市县人民政府签订全面合作协议，与河南宛西、江苏康缘、深圳三九等中国国内知名中医药企业签订战略合作协议，建有亳州济人药业等25个产学研合作基地，开展50多项技术服务。