蚌埠医学院创建于1958年7月，由上海第二医学院和安徽医学 院援建而成。

1968年8月，经安徽省革委会批准改称蚌埠反修医学院。

1970年11月，安徽省革委会决定将安徽四所高等医学院校合并为安徽医学院，蚌埠反修医学院更名为安徽医学院蚌埠分院。

1974年6月，国务院科教组发文通知恢复蚌埠医学院 。

1979年开始招收硕士研究生，为首批硕士学位授予单位。2003年，获得临床医学硕士专业学位授予权，2004年开始培养临床医学专业硕士学位研究生 。

2019年11月，经第四届全省高等学校设置评议委员会专家考察和评议，同意蚌埠医学院更名为蚌埠医科大学。

建设成果

截至2014年10月，近年来，学校发挥高校科研优势，积极承担国家自然科学基金项目30余项，教育部、卫生部各类课题项目10余项，获省厅级以上科研立项600余项，申报发明专利10余项，合作参与了包括国家重大科技专项973项目在内的国家级项目10余项，发表各类论文6000余篇，出版教材、专著50余部。曾获安徽省科技进步一等奖3项，卫生部科技进步二等奖2项。

学术资源

据2014年5月学校官网显示，蚌埠医学院图书馆馆藏有图书、期刊、电子资源共计114.6万余册。在基础医学、临床医学、检验医学、护理学、影像医学、药学、预防医学等领域积累了丰富的馆藏。通过与中国科技大学、合肥工业大学、安徽大学重点高校的联系，参与馆际互借服务，通过共建共享渠道，帮助读者获取急需的文献资料 。