历史沿革
1950年秋，皖南人民行政公署在芜湖市儒林街打铜巷建立皖南医事学校;

1951年，改名皖南卫生技术学校;

1952年，改为安徽省芜湖卫生学校，校址迁至渡春路;

1958年10月，又迁铁山，改名为芜湖医学专科学校(简称芜湖医专)，设医疗专业一科;

1963年，安庆医专、淮南医专先后并入芜湖医专。同年，国务院将芜湖医专列为全国16所医专之一;

1970年，安徽省4所医学院校合并时，芜湖医专并入安徽医学院;

1971年，安徽医学院皖南分院;

1974年，国务院批准独立建校，成立皖南医学院。

科研成果
科研项目
根据2014年12月学校官网显示，该校教师承担了国家自然科学基金2项、省部级科研课题5项、省教育厅、省卫生厅各级科研课题70余项。2011-2014年，获省科技成果奖三等奖三项，2005年起在SCI上发表论文14篇，国家核心期刊发表论文近200篇，在各类省级刊物发表论文400多篇，出版学术专著10余部。

研究机构
根据2014年12月学校官网显示，该院有国家中医药管理局三级实验室1个、国家药物临床试验机构1个、省级人文社科重点研究平台1个、省级工程技术研究中心1个、省级重点实验室1个、校级研究机构6个。

国家中医药管理局三级实验室:中药定量药理学实验室;

国家药物临床试验机构:皖南医学院弋矶山医院;

省级人文社科重点研究平台:大学生心理健康教育研究中心;

省级工程技术研究中心:安徽省多糖药物工程技术研究中心;

省级重点实验室:活性生物大分子研究安徽省重点实验室;

校级研究机构:定量药理研究所、蛇毒蛇伤研究所、医学遗传研究室、发育生物学研究室、医学蜱螨研究所、优生优育研究室。

学术资源
馆藏资源

根据2014年12月学校官网显示，图书馆馆藏文献达102.54万册，其中，纸质文献39.67万册，电子图书62.87万册，中文报纸70种。同时，拥有多个文摘型或全文型数据库，并建立了镜像站点，初步形成了以医药卫生为主，纸质文献与电子文献互补的馆藏文献体系。

学术期刊

《皖南医学院学报》由皖南医学院主办，于1974年创刊，是一份综合性的医学类学术期刊，为中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，旨在传播医学信息，促进院内外学术交流和推动教学、科研、医疗工作。设有专家笔谈、基础医学、临床医学、法医医学、中医中西医结合、技术交流、文献综述、专题讲座、调查研究、临床护理、短篇报道等栏目，既可为高等医学院校师生的科研、医疗工作提供参考，又可指导基层广大医务人员的临床实践。