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清末民国
清华学校
1909年，游美学务处在北京设立，同时开始筹建附设肄业馆，总办周自齐，招考第一批庚款直接留美生，录取梅贻琦等。1910年，招考第二批庚款直接留美生，录取竺可桢、赵元任等。1911年，游美肄业馆更名清华学堂，并首次开学，是由美国“退还”的部分“庚子赔款”建立的留美预备学校。
1912年，更名为清华学校，裁撤游美学务处；唐国安担任首任校长，周诒春为教务长，在校生约500人，教员30余人，以“培植全材，增进国力”为宗旨培养“领袖人才”。
1914年10月，美国建筑师墨菲与丹纳为学校指定校园规划，布置留美预备学校和综合大学。1916年至1920年，建成图书馆、体育馆、科学馆、大礼堂等早期建筑。
1919年5月4日，五四运动爆发，城内十多所学校示威游行。清华学生组织演讲、会见公使、致电巴黎和会；9日，校内挂半旗，全体同学在体育馆举行“国耻纪念会”，并焚烧校内日货。
1924年5月，曹云祥成为正式校长，在任6年中，清华学术得到空前发展。
1925年春，成立国学研究院，聘请梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任等导师。从派遣留学逐步转为培养本国人才，始创四年制本科教育，分文、理、法三院。
国立清华大学
1928年，南京国民政府取代北洋政府掌控北京后，任命罗家伦为校长，易名“国立清华大学”，任职期间，罗家伦对学校组织结构大加整改，延请了蒋廷黻，张奚若、萧公权，冯友兰、张子高等几十位著名教授。
1929年4月，罗家伦因查出清华基金帐目亏空，要求改革，与清华大学董事会发生矛盾，提出辞职。
1930年5月20日，学生代表大会驱逐罗家伦校长，后阎锡山所任乔万选遭学生护校纠察队阻挡。
1931年，教育部所任校长吴南轩独揽大权、蔑视教授人格，携印入城，断绝学校资金并暗示武力解决，学生护校委员会和教授会迫使教育部将其撤职；10月14日，任命梅贻琦为校长，其在任17年中，对学校建设贡献巨大，确定了清华著名学府地位。
1932年，设工学院。1933年开始招考留美公费生。
西南联合大学
1936年春，清华大学决定在湖南筹设分校。2月，梅贻琦与工学院院长顾毓琇等赴湖南，与湖南省主席何健商洽。何健对清华在湘设分校表示欢迎，并希望首先筹设农学院。清华大学为稳妥起见，表示拟先设农业研究所，然后逐步改为农学院。关于校址，原拟购圣经大学旧址，后因索价60万，清华无力承担，而由何健拨长沙岳麓山空地100余亩赠与清华作为建校之用，何健与梅贻琦代表双方签订了合作协议。
1936年冬，清华秘密运送一批图书、仪器到汉口，每批10列车，每车约40箱。这些设备、图书，成为以后长沙临时大学、西南联合大学非常重要的教学设备，为保证联大正常的教学以及有限的科研，发挥了极为重要的作用。
1937年，抗日战争爆发后，南迁长沙，与北京大学、南开大学联合办学，组建国立长沙临时大学。
1937年10月25日，临大开学，11月1日开始上课。临大综合了清华、北大、南开原有的院系设置，设4个学院17个学系。截止到11月20日，在校学生共有1452人，其中清华学生631人、北大学生342人、南开学生147人，新招学生114人、借读生218人；教职员共有148人，其中清华73人。
临大初期，清华计划利用原来在长沙岳麓山南为特种研究所修的建筑，做暂时驻扎的打算。但1937年底，南京沦陷，武汉危急，战火逼近长沙，长沙临时大学被迫再度迁校至昆明；正如西南联大校歌中吟唱的“万里长征，辞却了五朝宫阙。暂驻足衡山湘水，又成离别。”
1938年2月，长沙临时大学第一学期结束后，师生启程奔赴云南昆明。由于战时内地交通困难，女同学和体弱男同学由粤汉铁路到广州经香港、越南入滇，一部分同学沿湘桂公路到桂林经柳州、南宁、越南入滇；还有男同学二百余人组织了湘黔滇旅行团，栉风沫雨，行程全程3200多里，其中徒步2600多里，历时68天，横穿湘黔滇三省，完成了世界教育史上罕见的一次“长征”。时年40多岁的教授闻一多不顾体弱，毅然参加步行团；由临大抵昆明入学的学生有993人，其中清华学生481人，清华教职员共达200多人。
1938年4月2日，教育部以命令转知：奉行政院命令，并经国防最高会议通过，国立长沙临时大学更名为“国立西南联合大学” （The National South-West Associated University）。6月8日，“国立西南联合大学关防”到校，7月1日正式启用。校名中去掉“临时”二字，表明国民政府对日本侵华战争的严重性和长期性有了新的认识。
1946年，清华大学迁回清华园原址复校，设农学院。
清华大学
1949年后，校长梅贻琦等人随国民政府迁往台湾，后以新竹清华大学之名于台“复校”。清华归属中央人民政府教育部，更名“清华大学”。
1949年1月10日，北平市军管会接管清华，5月4日，成立以叶企孙为主席的校务委员会，主持校务。7月，新政协筹委会征求国旗、国徽、国歌，次年6月，营建系主任梁思成召集组建清华大学国徽设计小组，设计方案最终被采用。
1952年，全国高校院系调整，清华的文学院、理学院、法学院、农学院、航空等院系被迫割离该校而划归北京大学等校，同时吸收国内其他高校的工科院系，清华大学成为一所多科性的工科大学，重点为国家培养工程技术人才。
1952年11月，蒋南翔出任清华大学校长，积极探索符合中国国情的社会主义高等教育的办学道路，在培养又红又专、全面发展的工程技术和尖端科技人才方面成绩卓著；他提出“争取健康地为祖国工作五十年”口号，激励清华人至今。
1952年，清华着手进行“学习苏联先进教育经验”的教学改革，按计划培养技术人才，从学分制转为学年制，学制延长，建立教学大纲，翻译大量苏联教材，加强基础课，聘请苏联专家讲学。
1957年至1958年春的反右斗争中，清华571人被划右派。清华逐渐形成了“又红又专”和“德智体全面发展”的特色，从1953年起率先实行“政治辅导员”制度，让优秀学生党员“双肩挑”（专业学习和政治工作），延续至今。当时的清华被称为“红色工程师的摇篮”。
1958年后，开展教育领域“大跃进”，实行教育与生产劳动相结合、勤工俭学、教育支援农业，清华师生承担了密云水库、中国革命历史博物馆等实践工作。
文革时期，清华大学作为文革红卫兵运动的重要摇篮，始终处于漩涡中心，在此期间学校教学秩序受到严重破坏。
1966年12月19日，经“无产阶级司令部”授意，一统清华“文革”的井冈山兵团成立，蒯大富为第一把手。12月25日，5000多师生开展“反刘少奇、邓小平”游行，即“一二·二五大行动”。1967年4月10日，召开旨在揭露刘少奇的“批斗王光美万人大会”。
1967年4月14日，因对文革一系列重大问题存在分歧，井冈山兵团分裂为“兵团总部”(“团派”)和“四一四串联队”(“414派”或“四派”)，矛盾日益激烈。5月29日晚，“414派”成立“清华大学井冈山四一四总部”，与“团派”正式对立。
1968年3月，“杨、余、傅事件”后，两派矛盾膨胀。4月23日至7月27日，两派之间爆发“百日大武斗”，动用棍棒、土枪、土炮、剧毒弓箭、地雷、手榴弹、半自动步枪、燃烧瓶、土坦克等，针对大礼堂、东区浴室楼、科学馆等进行抢占与争夺；致使18人死亡，1100多人受伤，30多人终身残疾。
1968年7月27日，中共中央派出工宣队进驻清华。“团派”袭击工宣队工人，导致5人被杀、731人受伤，震动北京城，史称“七二七事件”，直接导致毛泽东终止全国群众武斗。
1970年，开始招收工农兵学员。
1975年，邓小平主持工作后，清华党委副书记刘冰等人写信给毛泽东，斥责清华一二把手迟群、谢静宜飞扬跋扈。这被毛泽东看做“文革”翻案，加以批评，后演变为“教育革命大辩论”。12月，演变为全国性“批邓、反击右倾翻案风”运动，数十万群众和机关干部前来清华“学习”、“参观”，教学工作瘫痪，贴出十万多份大字报。
1976年10月，“四人帮”倒台。16日，中共北京市委整顿学校。次年4月29日，刘达任党委书记兼革委会主任，开始整顿领导班子、纠正冤假错案、改善教职工队伍结构，不久后取消革委会。
根据《清华大学科研机构管理规定》，清华大学科研机构根据其批准设立的主体不同，分为三类，包括政府批准机构、学校自主批建机构和学校与校外独立法人单位联合共建机构。
截至2018年3月27日，清华大学正在运行的校级科研机构共386个，其中政府部门批准建立的科研机构共154个，学校自主批准建立的科研机构共120个，学校以协议形式与校外独立法人单位联合建立的科研机构共112个。下面列举具有代表性质的科研机构：
国家研究中心·1个：北京信息科学与技术国家研究中心
国家重大科技基础设施·2个：国家蛋白质科学基础设施（北京基地）、地球系统数值模拟装置
国家大型科学仪器中心·2个：北京电子显微镜中心、北京电子能谱中心
国家重点实验室·13个：化学工程联合国家重点实验室、环境模拟与污染控制联合国家重点实验室、低维量子物理国家重点实验室、膜生物学国家重点实验室、精密测试技术及仪器国家重点实验室、集成光电子学国家重点实验室、微波与数字通信技术国家重点实验室、智能技术与系统国家重点实验室、水沙科学与水利水电工程国家重点实验室、摩擦学国家重点实验室、汽车安全与节能国家重点实验室、电力系统及发电设备控制和仿真国家重点实验室、新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室
国家工程实验室·11个：数字电视国家工程实验室（北京）、电子商务交易技术国家工程实验室、神经调控技术国家工程实验室、抗肿瘤蛋白质药物国家工程实验室、下一代互联网核心网国家工程实验室、特高压工程技术（昆明、广州）国家工程实验室、工业酶国家工程实验室、城市轨道交通绿色与安全建造技术国家工程实验室、烟气多污染物控制技术与装备国家工程实验室、危爆物品扫描探测技术国家工程实验室、大数据系统软件国家工程实验室
国家工程研究中心·4个：光盘系统及应用技术国家工程研究中心、工业锅炉及民用煤清洁燃烧国家工程研究中心、燃气轮机与煤气化联合循环国家工程研究中心、生物芯片北京国家工程研究中心
国家工程技术研究中心·3个：国家计算机集成制造系统工程技术研究中心、国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心、国家道路交通管理工程技术研究中心（清华大学分中心）
清华大学－北京大学生命科学联合中心·1个：清华大学－北京大学生命科学联合中心
国家国际科技合作基地（联合研究中心）·5个：新能源与环境国际研发中心、清华大学新材料国际研发中心、功能材料国际联合研究中心、中美清洁汽车技术国际联合研究中心、中拉清洁能源与气候变化国际联合研究中心
国家国际科技合作基地（示范型合作基地）·2个：摩擦学国家重点实验室（清华大学）*、清华大学中俄战略合作研究所
高校国际合作联合实验室·1个：高端装备创新设计制造国际合作联合实验室
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