历史沿革

1947年2月，华东军区·第三野战军卫生部医学院（简称华东医学院）在山东省沂源县曹庄成立。 

1949年1月，淮海战役胜利结束后，华东军区兼第三野战军党委决定招生办学。当年3月。由第三野战军前方卫生部和华东医学院抽调干部组成招生组，在江苏省扬州市设立华东医务干部学校，不久改名为华东医学院，共招收新生800余人。同年6月，学院迁至江苏省苏州市沧浪亭。 

1949年5月，上海解放，上海市军事管制委员会军事接管委员会派员进驻上海江湾区五角场原国民党国防医学院，接管了该院校舍和国民党联勤第二总医院的全部设备及院长等工作人员475人。

1949年9月12日，华东军区人民医学院正式成立并举行开学典礼。学院隶属于华东军区后勤部。 

1950年10月，中央军委命令，将医学院命名为中央人民政府人民革命军事委员会上海军医大学，隶属于中国人民解放军总后勤部，华东军区政治部主任舒同题写了校名。 

1951年7月9日，学校正式定名为第二军医大学，校名由陈毅元帅题写。 

1954年，制定了军医和药学专业新的教学计划和大纲，并完善了办学体系。

1955年，创办了卫生勤务学系。

1960年，增设了海军医学系。

1961年，开始承担外军医学留学生培训任务。

1969年8月29日，“文化大革命”期间，军委办事组批准总后勤部党委《关于医科院校调换校址的报告》，第二军医大学于当年10月奉命迁至陕西省西安市长乐路第四军医大学原校址。

1975年7月，学校经中央军委批准迁回上海原址。 

1969年10月，学校奉命搬迁到西安现第四军医大学校址。

1997年，学校成为国家“211工程”重点建设院校。

1999年，海军医学高等专科学校并入第二军医大学。入选国家“211工程”以来，学校教、医、研等各项工作得到了快速发展，并以优秀成绩通过了国家“211工程”三期、军队“2110工程”二期和总后“530工程”一期验收。

2003年，学校获批全国首个护理学博士学位授权学科。

2016年，学校由隶属于原中国人民解放军总后勤部转隶中国共产党中央军事委员会训练管理部。

2017年6月，因军队改革，学校由军委训练管理部转隶海军，并更名为中国人民解放军海军军医大学，对外保留第二军医大学校名。9月，入围首批国家“双一流”世界一流学科建设高校名单。 

学术期刊

《海军军医大学学报》：于1980年6月创刊，由海军军医大学主管、主办，是中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，被《中文核心期刊要目总览》确认为综合性医药卫生类核心期刊，同时也被荷兰《医学文摘》（EMBASE）、荷兰斯高帕斯数据库（Scopus）、美国《化学文摘》（CA）、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、英国《国际农业与生物科学研究中心》（CABI）、日本科学技术振兴机构数据库（JST）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、波兰《哥白尼索引》等国际知名检索系统收录。主要报道基础医学、临床医学、军事医学、药学和中医学等领域的最新科研成果，主要栏目有有院士论坛、专家论坛、专题报道、论著、研究快报、临床病例讨论、海洋军事医学等。 

《解放军护理杂志》：是中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、卫生部人事司专业技术资格评审认定期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊。 

《Journal of Integrative Medicine》（《结合医学学报：英文版》）：是中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、上海市科学技术协会系统优秀科技期刊、全国中医药优秀期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，由上海市中西医结合学会和海军军医大学附属长海医院主办。 

《药学实践杂志》：是国家级期刊、中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，由海军军医大学和中国药学会药事管理专业委员会主办。 

《药学服务与研究》：是海军军医大学主管、主办的中国第一本有关药学服务方面的专业性学术期刊。 

学术交流

学校加强国际科研合作，截至2010年底，学校与10多个国家30余所科研院所建立了稳定关系，广泛开展学术交流活动；包括诺贝尔奖获得者在内的30多个国家100余名学术大师来校讲学交流，担任客座教授和名誉教授；建立了生物信号传递研究、烧伤休克复苏研究等多个国际研究合作中心；与美国、英国、德国、法国、日本、澳大利亚、加拿大、香港等34个国家和地区以及美国麻省大学、德国马普生化研究所、瑞典哥德堡大学、澳大利亚昆士兰大学、加州大学洛杉矶分校等国际著名院校建立了学术交流及合作关系；多次组织和主持国际国内学术会议；与德国洪堡大学、英国兰开夏大学开展了部分本科生联合培养试点；与复旦大学、同济大学合作培养七年制、八年制学员；与加拿大西安大略大学签署了开展本科生及研究生临床技能培训和联合培养、专业技术干部临床培训、管理人员培训、模拟中心培训等7个项目；与加拿大卫生研究院签署了开展博士后国际培训、国际研究与合作交流等4个项目；完成了50多个国家500多名留学生的培养任务；学校长海医院和新加坡中央医院签有合作协议，重点在管理干部培训、护理骨干业务深造及住院医师规范化培训等领域开展交流合作；与香港中文大学签署了《海军军医大学与香港中文大学合作备忘录》，在医学教育、人才培养、学科建设和医学研究等多方面开展合作；学校医学免疫学国家重点实验室和香港大学医学转化免疫学实验室建有合作关系。