1956年，广州中医药大学原成立，是中国最早的4所中医院校之一，它的建校基础是成立于1924年的广东中医药专门学校。

1924年9月15日，广东中医药专门学校建成举行开学典礼。

1933年，在学校对面建了附属广东中医院，供教师临床及学生实习之用。

1940年更名为广东中医药专科学校。

1952年，广东省中医进修学校成立，依托广东中医药专科学校办学。

1953年，停止招生。

1956年，广州中医学院在广州成立。同年开始招生，学校从全省各地征调及聘任一批经验丰富的中医担任教师。

1957年，经上级批准，学校在三元里择地，新建校址。

文化大革命开始后，学校停止招生，校名改为"广东中医学院"。

文化大革命结束后，学校恢复了"广州中医学院"的名称。

1978年开始招收研究生，是全国最早招收研究生的高等学校之一。

1992年，中国自然辩证法研究会与《医学与哲学》社在广州中医药大学举办首届全国中西医学比较研究学术研讨会，大会上发表了曾邦哲(曾杰)国际上第一篇论系统医学(药学)概念、模型与原理的学术论文。

1995年学校更名为"广州中医药大学"。

2002年，学校成为国家首批开展非医攻博(非医学专业本科毕业生攻读中医学博士学位)试点工作的单位之一。

2003年，在抗击非典的战斗中，学校一附院、二附院被评为"广东省抗非典先进单位"，尤其值得一提的是，一附院实现了"病人零死亡，医务人员零感染"。二附院两位女专家受聘到香港协助治疗"非典"，这是第一次在香港公立医院使用中医药。

2004年，学校主体进入大学城。

2005年，学校首次承担"973"计划项目，邓铁涛教授出任首席科学家。

2017年9月，教育部、财政部、国家发展改革委印发《关于公布世界一流大学和一流学科建设高校及建设学科名单的通知》，公布世界一流大学和一流学科（简称“双一流”）建设高校及建设学科名单。广州中医药大学入围首批世界一流学科建设高校名单

学科建设
截至2018年5月，学校拥有一级学科国家重点学科1个；拥有一级学科广东省重点学科3个，其中广东省攀峰重点学科1个，广东省优势重点学 科2个；拥有国家中医药管理局中医药重点学科25个

国家级重点学科（4个）

中医临床基础、中医内科学、中医骨伤科学和中医妇科学

部（局）级重点学科（7个）

中医临床基础、中药制药学、中医内科脑病学科、中医内科心血管学科、中医内科消化学科、中医外科皮肤 学科、中医妇科学

省级重点学科（8个）

中医临床基础、中医内科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中西医结合基础、中药学、中医基础理论、针灸推拿学

教学建设
截至2017年，学校拥有国家特色专业5个、国家级精品课程3门、省级精品课程12门、省名牌专业4个、国家双语教学示范课程1门、开设本科专业18个。有中医学、中药学2个国家级实验教学示范中心;附属医院26所(直属4所、非直属医院21所，合作医院1所)，病床总数达15000多张，直属附院拥有全国专科医疗中心6个、省级专科专病医疗中心8个、部局级专科专病研究实验室3个。有教学医院21间、实习医院35间、药学实习基地38个，其它教学基地12个。