该校源于1934年成立的广西省立南宁区医药研究所。
1941年南宁、梧州、桂林三个区医药研究所合并为广西省立医药研究所。
1942年创立了广西省立中医院和药物种植场作为学生的实习基地。
1945年9月,广西省立医药研究所改名为广西省立南宁高级中医职业学校,是当时全国的一所公立中医学校,培养本科层次高级中医药人才。
该校于1956年恢复办学,南宁中医学校、梧州中医学校相继建校。次年2月两校合并为广西中医学校。
1958年更名为广西中医专科学校。
1964年恢复本科教育,学校升格为广 西中医学院。
1970年南宁医学专科学校并入,组成新的广西中医学院;
1976年开始招收留学生。
1978年开始培养硕士研究生。
1986年获硕士学位授予权。
1996年联合培养博士研究生。
2009年联合培养博士后。
2012年3月,经国家教育部批准更名为广西中医药大学,
2013年9月搬迁到仙葫校区。
2015年12月1日,广西壮族自治区人民政府与国家中医药管理局签署协议共建广西中医药大学。
2006-2010年,学校共承担各类科研项目1970项,其中国家级61项。2011年又获国家自然科学基金31项,跻身广西高校及全国中医药院校前5强。2006年-2012年,获科技成果奖111项,获省部级以上奖励44项。2006-2010年出版专著268部,发表科技论文6751篇。
2009年-2014年,学校承担各类科研课题2069项,其中国家级147项,省部级课题393项,厅局级934项,平均科研合同经费每年8855.74万元。通过鉴定的科研成果98项,获得各类奖励126项,其中国家行业一等奖1项、二等奖9项,广西科技进步奖一等奖2项,二等奖12项。申报专利67项,获得授权专利23项。出版专著185部,发表科技论文10091篇。
据学校官网2014年9月信息显示,学校拥有国家中医药管理局科研三级实验室4个,国家中医药管理局中医药科研二级实验室12个,自治区金源单位1个,自治区重点实验室2个,广西高校重点实验室3个,广西中医药科学实验中心1个,广西首批“2011协同创新中心” 1个和 “2011协同创新中心”建设基地2个,校地校企共建科技创新平台共3个,中国-东盟传统医药交流合作中心1个,中-泰传统药物研究联合实验室1个。
国家中医药管理局中医药科研三级实验室(4个):中(壮)药化学与质量分析实验室、中药药理实验室、医学分子生物学实验室(第一临床医学院)、医学分子生物学实验室(瑞康临床医学院)
自治区(省)级科技创新金源单位(1个):中药药效筛选研究中心
自治区(省级)重点实验室(2个):中药药效研究重点实验室、广西中医基础研究实验室
广西高校重点实验室(3个):药学中心实验室、中药药理学实验室、中医临床研究实验室
国家中医药管理局中医药科研二级实验室(12个):神经行为学实验室、分子生物学实验室、中药药效筛选研究实验室、中药药理学实验室、中药提取纯化与质量分析实验室、中药生药学实验室、分子生物医学实验室、肝病分子生物学实验室、脑病免疫生化实验室、细胞分子生物医学实验室、消化内镜与病理实验室、骨伤生物力学实验室
广西首批2011协同创新中心(1个):壮瑶药协同创新中心
广西2011协同创新中心建设基地(2个):老龄化社会健康服务模式协同创新中心、农作物废弃物功能成分研究协同创新中心
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