历史沿革
学校前身是黑龙江农垦经济学校和黑龙江农垦师范学校两所中专学校。

黑龙江农垦经济学校
黑龙江农垦经济学校成立于1981年，校址在佳木斯。

黑龙江农垦师范学院
黑龙江农垦师范学校成立于1977年(原名为牡丹江农垦师范学校)，原校址在虎林市，1994年师范学校由虎林市搬迁至佳木斯市，更名为黑龙江农垦师范学院。

两校合并

2000年7月，农垦总局决定将农垦经济学校和农垦师范学校合并，组建黑龙江农垦职业学院。

2000年10月，申办工作正式启动。

2001年1月6日，通过专家评审组评估。

2001年3月8日，经黑龙江省人民政府批准，教育部备案，黑龙江农垦职业学院伴随着新世纪的钟声正式成立。

2003年8月，经省政府批准，学校由佳木斯市整体搬迁至哈尔滨市江北大学城。

2004年1月1日，黑龙江农垦卫生学校并入黑龙江农垦职业学院;黑龙江农垦卫生学校是1959年成立的中专学校，原校址在密山市裴德镇，2004年10月份从裴德镇搬迁至现校区。

办学条件
师资力量

截至2014年09月，学校有专任教师335人，兼职教师172人。专任教师中副高级以上职称教师174人，双师素质教师229人，硕士、博士学位教师126人，省级教学名师、新秀和能手8人，国内访问学者4人，境外培训经历教师58人，拥有省级优秀教学团队1个。

省级优秀教学团队(1个):会计电算化(刘福春)

省级教学名师(4个):田丽芬、姜晓燕、王云庆、潘亚芬

省级教学新秀(2个):曲秀琴、沈莉

省级教学能手(2个):费鸿、王振林

教学建设
质量工程

截至2014年09月，学校有国家和省级重点专业14个，省级精品课程10门，国家和省级教学成果奖12项;建有校内实训室(基地)145个，央财省财支持实训基地5个，校外实习实训基地183个。

中央财政重点支持专业(2个):食品加工技术、物流管理

省级财政重点支持专业(9个):食品营养与检测、康复治疗技术、护理、新闻采编与制作、学前教育、商务英语、物流管理、会计电算化、市场营销、生物制药技术、药学

省部共建农村职业教育示范区试点专业(2个):食品加工技术、农产品质量检测

黑龙江省卓越人才培养计划专业(2个):农产品质量检测、种子生产与经营

农业部和财政部支持实训基地(5个):食品加工技术、物流管理、护理、会计电算化、康复治疗技术

教育部和财政部支持实训基地(1个):生物制药技术

省财政支持实训基地(2个):护理、食品营养与检测

省级精品课程(10门):乳制品生产与推广、基础护理技术、学前语言教育能力训练、物流管理基础、肉制品生产与控制、会计信息化、会计岗位实务、药物制剂技术、市场营销操作实务、影视构图

教学成果
截至2014年05月，学校获国家级教学成果二等奖1项、省级教学成果一等奖1项、省级教学成果二等奖10项、黑龙江省高校应用技术教学成果奖二等奖3项。