历史沿革
建校至文革前
1958年4月，周恩来总理亲自批复成立湖南省属综合性大学——吉首大学。包括中文系，数学科。

1960年，湖南省内高校进行调整，吉首大学保留校名，建立师专。同年成立理化组，物理科。

1972年，成立吉首大学外国语学院。

1973年，成立的化学科。

改革开放至今
1976年10月，党中央一举粉碎“四人帮”反革命集团，结束了十年内乱。在省委书记华国锋等领导的关心下，吉首大学迅速恢复了学校秩序。

1978年8月，吉首大学复升为省属综合性大学，同时湖南医科大学（现中南大学湘雅医学院）湘西分院并入吉首大学组建医疗系，湘潭大学湘西分校并入吉首大学组建体育系，湖南医学院湘西分院并入吉首大学组建医疗系。

1979年，吉首大学开始招收本科学生。同年，成立马列主义教研室。

1980年，数学科更名为数学系。

1982年，马列主义教研室更名为政治系。

1983年，生物专业正式建立。

1984年，创办民族音乐科，物理科更名为物理系，生物专业与化学专业合并建立吉首大学生化系。

1986年，开办商科教育，成立的化学系。

1987年，成立经济管理系。生物系从生化系独立。马列主义教研室从政治系独立，成立马列部，先后改社科部、两课部。

1988年，吉首大学成立美术学院。

1989年，胡耀邦逝世，吉首大学学生与湘西其他高校学生自发悼念胡耀邦。

1994年，成立民族预科部。

1996年，数学系更名为数学与计算机科学系。民族音乐科更名为艺术系。

1997年，物理系更名为物理与电子工程系。生物系

更名为生物学与环境科学系。

1999年，生物学与环境科学系与化学系共同组建吉首大学第一个学院——吉首大学生命科学与化学学院。

2000年，吉首卫生学校并入吉首大学，与医疗系合并组建吉首大学医学院。

2001年，湘西民族教育学院与吉首民族师范学校并入吉首大学组建吉首大学师范学院。生命科学与化学学院更名为吉首大学资源与环境学院。

2002年，武陵高等专科学校并入吉首大学成为吉首大学张家界校区。撤经济管理系成立吉首大学商学院。撤中文系组建吉首大学文学与新闻传播学院。张家界校区工艺美术系和校本部艺术系艺术设计专业合并组建美术系。张家界校区人文社会科学系并入校本部政法学院。同年，吉首大学张家界学院成立。

2003年，吉首大学成立吉首大学国际交流与公共外语教育学院。吉首大学获得硕士学位授予权。原生命科学与化学学院的化学专业和食品科学与工程专业重组吉首大学化学化工学院。从资源与环境学院中独立成立吉首大学生物资源与环境科学学院。

2004年，国家教育部指定中山大学对口支援吉首大学，吉首大学开始加速发展。同年，成立吉首大学法学与公共管理学院，吉首大学体育科学学院，法学院和政治与公共管理学院。物理与电子工程系更名为物理科学与信息工程学院。数学与计算机科学系更名为数学与计算机科学学院。两课部再次从政法学院独立出来，成立政治理论课部。

2005年，美术系改建为吉首大学美术学院.。政治理论课部更名为吉首大学马克思主义学院。

2006年6月，湘西自治州人民医院成为吉首大学第一附属医院。

2006年，吉首大学在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀。

2008年，国家教育部指定中南大学、中山大学对口支援吉首大学。

2010年，在湖南省研究生培养过程质量评估中获得优秀。

2011年，吉首大学成为国家武陵山片区区域发展与扶贫攻坚战略重点支持大学。同年，吉首大学信息科学与工程学院成立。旅游学院更名为吉首大学旅游与管理工程学院。数学与计算机科学学院更名为吉首大学数学与统计学院。物理科学与信息工程学院重组，成立吉首大学物理与机电工程学院。法学院与政治与公共管理学院中的公共事业管理专业、文化产业管理专业合并成立吉首大学法学与公共管理学院。

2012年，吉首大学成为国家中西部高校基础能力建设工程（小211工程）重点建设大学。同年，成为教育部第一批“卓越医生教育培养计划”试点大学，承担国家首批“服务国家特殊需求博士人才培养项目

2013年6月，湘西州民族中医院成为吉首大学附属中医院。同年，吉首大学开始招收博士研究生。

2014年，吉首大学获批民族学、工商管理2个博士后流动站。

2015年1月，重庆市黔江中心医院成为吉首大学附属黔江医院。

2015年3月，《吉首大学章程》获湖南省教育厅核准通过并公布实施。

2016年，国家民委与湖南省人民政府达成共识，签署了《国家民委湖南省人民政府共建吉首大学协议》。

2016年5月，意大利米兰理工大学民族文化视觉设计与传达创新实验基地落户吉首大学。 清华大学与吉首大学签署对口支援协议。  吉首大学成功入选中西部高校基础能力建设工程（二期）。

2016年6月，吉首大学黄永玉艺术博物馆加入全国高校博物馆育人联盟。

2016年12月，怀化市第一人民医院成为吉首大学附属第四医院。

2017年7月，吉首大学获得推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生资格。

科研成果
科研机构
截至2018年5月，国家级实验教学示范中心1个，省部级重点研究基地14个，省级重点实验室4个，省级实践教学示范中心6个，省级优秀实习基地11个，国家大学生校外实践教育基地2个，省级产学研合作示范基地3个。

附属医院：第一附属医院(湘西州人民医院)、第二附属医院(吉首市人民医院)、附属中医院(湘西州中医院)