1907年清朝末期，在吉林的东局子成立了“农学堂”；1937年将农学堂改为“第一国民高等学校”，校址迁往吉林的八百垅。国民党占领吉林后，与白山的斋斋农林学校合并，该名为“吉林省立农科职业学校”；1948年5月8日，学校迁往吉林九站农业实验场，校名改为“吉林省立农业学校”。

1949年冬，学校由九站迁至吉林市江南，改名为“吉林省立农业专门学校”；解放后第一批学生分设农业、畜产兽医、农田水利科，修业期限四年。在校243人，并有47人毕业。1950年增设了林业专修科，10月，抗美援朝战争爆发，城市疏散人口，学校暂时迁到吉林省桦甸县朝阳沟；1951年人民政府拨款，50亿（当时货币），在吉林市郊区建立新校舍，年底校舍建成后迁回新校址；1951年12月，将“吉林省立农业专门学校”更名为“吉林省农业技术学校”，学校改制为中等专业学校。8月，林学专业合并到吉林省林业学校。

1953年，将“吉林省农业技术学校”改为“吉林省农业学校”；1954年水利专业合并到沈阳东北水利学校，随迁教师17名，学生78名；1957年2月，通化农校并入吉林省农业学校，随迁学生322人个部分教师，在校生达到2402人，教职工400人，其中教师190人；1958年，增设“兽医专业”大专班并招收一年制“社来社去”班500人，在校学生达3079人，教职工增加到654人；1959年学校增设了水产、农业气象专业，由农、畜两个专业抽出5个班学生，成立了特产系，兽医专业大专班并到军委兽医大学；1961年，水产专业并入吉林省大赉水产学校；1962年特产系迁到左家特产学院；1963年，增设会统专业。成立了函授部，面向吉林省招生。

1964年，增设了农电专业，长春电力技工学校两个农电班并入我校，招收“社来社去”班13个；1966年初，学校与吉林省九站农业科学研究所合并，实行以所办学，改名为“吉林省九站农业劳动大学”设立农学系；6月，文革兴起，学校遭到严重摧残和破坏，停止招生，教学和科研活动被迫停止；1971年恢复招生，招收“社来社去”学生280人，学制一年；1972年，撤消吉林省九站农业劳动大学，改名为“吉林省农业学校”；1975年，在“左倾”路线严重影响下，向“朝农”学习，面向基层，开门办学。在校学生850人，教职工295人。

1976年10月，粉碎“四人帮”，教育走向正规，恢复了统一招生考试制度，促进了学校秩序的好转；1981年，学校增设了农学、牧医、农经、园艺、植保、蚕桑等六个专业；1983年，学校分别被吉林省政府和中共吉林市委命名为“吉林省先进单位”和“文明学校”；1985年，在校学生数达到946人，教职工401人；1987年，增设了土地利用与管理专业，并当年招收42名学生。3月，学校与双疗县人民政府签订了关于进行横向联合、建立校外实习基地、进行科技扶贫，加速商品粮基地建设的协议。4月，召开了首次科研总结表彰大会，何维春同志研制的治疗火鸡黑头病“特效抗滴灵”，经省畜牧局主持的成果鉴定会鉴定，认为达到了国内先进水平；1989年增设经济植物、园林绿化、会计统计、乡镇企业管理、农副产品加工和动物饲养与加工6个新专业。

1990年1月，省委省政府召开全省农村工作会议，学校被省政府授予“育人兴农，功绩显著”大型牌匾一块和奖金20万元。被省政府评为“科教兴农先进单位”称号，获得奖金7万元；学校抽调23名教师、187名学生，组成了3个科技承包团和3个服务小分队，分赴双辽、通榆和国营双辽种羊场、吉林郊区开展科教兴农，农学专业师生在两县一场承包开发水田22万亩，平均每公顷产量万斤以上，创造纯经济效益7000多万元。

1991年，在农业部办学水平评估检查验收工作中，被评为A级一等学校；被国家教委、人事部、国家计委等五部委授予“全国职业技术教育先进单位”；被国家教委授予“科教兴农先进学校”；被省政府授予“全省职业技术教育先进单位”。科教兴农于“两县一区”42个乡镇，146个村屯，共创造经济效益46万余元；1992年，国家教委开展全日制普通中专学校办学水平评估活动，吉林省内共参评17所学校，我校被评为“合格学校”和“优秀学校”。经国家教委的统一评估认定，学校被评为“全国重点中专学校”；1992年，从农村实际出发，开办专门培养“以科技副村长和科技示范户为重点的青年农民不包分配班”，共招收农学、牧医两个班70人，受到农民欢迎和好评；1994年12月，日本神内良一援助项目在东京签订，确定神内吉林农业技术研修中心在吉林省农业学校建立。

1995年，在农业部和吉林省农业厅的支持下，由日本企业家神内良一先生投资2.45亿日元（合人民币1960万元）的“神内吉林农业技术研修中心”开始修建，4月9日破土动工，仅用了6个月的时间建成了包括中心主楼一幢、现代化猪舍五栋、现代化温室13栋，大型晾晒场一个、农机修配中心一座的基建任务，总建筑面积14000平方米。10月2日举行了“神内吉林农业技术研修中心落成典礼”；1996年7月7日，农业部洪绂曾副部长在农业厅李学勤副厅长、省农科院有关领导的陪同下，到我校视察“神内吉林农业技术研修中心”运行情况，并作了重要指示。1996年招收了“内地西藏班”，9月19日，专门为本班举行了开学典礼。

1997年，日本农业事业团神内良一先生、守屋淳先生在农业部洪绂曾副部长、吉林省政府商逢文副省长、吉林市政府战月昌市长及省市各厅、局有关领导的陪同下，到校检查“神内吉林农业技术研修中心”运行情况；10月28日，吉林省委书记张德江、副省长杨庆才等省市领导视察我校吉林省首届村级班干部培训班办学情况。3月，神内吉林农业技术研修中心第一期培训班开学。1998年，科研立项32项，主要有农业部科教司“九?五”重点课题1项、省科委科研立项4项。省农业厅立项2项、美国先锋公司科研立项1项；1999年在校生达3197人，教职工328人。

2000年由原中专学校改制为高职院校，经教育厅批准并入北华大学，组建职业技术学院，继续保留“吉林省农业学校”校名，人、财、物相对独立；2001年，经教育厅批准，正式并入北华大学，定名为“北华大学农业技术学院”。7月13日正式举行揭牌仪式。2002年，学院分别设置五年高职9个专业，三年制大专6个专业，在校生为2507名；

北校区历史
1958年，在吉林省农业厅和省人委的大力支持下，成立了“吉林特产学院”于1958年初，将吉林省农业学校三年级在校学生中成绩优良的369名拨给吉林特产学院，作为一年级。校址为左家镇，设经济动物、药草栽培、果树园林四个专业，学制四年；1958年12月8日，举行了“吉林特产学院首届开学典礼”。

1961年春，吉林省委决定将吉林特产学院并入吉林农业大学，改为吉林农业大学特产学院；1966年初，吉林省委决定特产系从吉林农业大学分出，恢复吉林特产学院建制，与吉林特产研究所合并建党委。刚从吉林农业大学分出，文革开始，学校被迫停办。

1984年10月，筹备恢复吉林特产学院，定校名为“吉林农垦特产专科学校”，为省属学校；1986年增设二年制专修班和三年制成人特产师资委托培养班，共招新生180人；4月2日，国家副主席，中央顾问委员会副主任王震视察学校并亲笔题写“吉林农垦特产专科学校”校名；1988年1月，在集安设立“吉林农垦特产专科学校集安分校”，开设“药用植物”和“野生动物”两个专业，学制两年。

1990年增加中专办学层次，除大专招生外，还招中专生152名；垦来垦去民师班100名；1990年10月，与中国人民解放军81118部队党委签订军校文明共建协议；1991年1月，原梨树农场职业高中民师班迁移到学校；1992年3月，学校与舒兰县吉舒镇人民政府签订科教兴农意向书；1993年，经国家教委批准，吉林农垦特产专科学校更名为“吉林农垦特产高等专科学校”。

1997年3月、1998年3月，学校两次与农业部签订师资班培训协议书，分别选派三名和两名学生分别到重点农业大学深造，为学校培养师资力量。1999年10月，学校向省委、农业厅呈请更改校名，由原来的“吉林农垦特产高等专科学校”更名为“吉林特产高等专科学校”，年末，有在校生2670人（大专1487人，中专1183人）；2003年，学校被确定为“吉林左家特产生态观光园”和“吉林市生态教育基地”。

合并建校
2003年，根据吉林省人民政府吉函（2003）85号文件精神，吉林特产高等专科学校与北华大学农业技术学院实体合并升为本科院校，定名为“吉林农业科技学院”。

2004年3月27日，国家教育部专家组在四川对全国升本学校进行评估，学校以全票通过升本院校，校名为“吉林农业科技学院”。5月18日，教育部正式发函同意建立吉林农业科技学院。

办学条件
学院设置
据2014年学校官网显示，学校设有动物科技学院、制药工程学院、经济管理学院、水利与土木工程学院、植物科学学院、机械工程学院、食品工程学院、生物工程学院、电气与信息工程学院、中药学院、文理学院、继续教育学院、社科部和体育教学工作部14个教学院（部）。

师资力量
据2014年学校官网显示，学校有专业教师485名，其中博士80名，教授52名，硕士学位以上老师占教师总数的80.6%，高级职称占老师总数44.5%，省级优秀教学团队5个（动物医学专业教学团队、财务管理教学团队、中草药栽培与鉴定专业实践教学团队等），省级教学名师3名。