1954年，电信系更名无线电系，电力系合并机械系的热能动力装置专业，更名为动力系。1957年，机械系扩分为机械一系（机械工程系）和机械二系（农业机械工程系）。1958年前后，数学、物理、化学、力学、体育等教研组合组为基础课部，1961年更名为基础科学系。

在中华人民共和国建国初期大力进行工业基础建设的历史背景下，全院师生艰苦奋斗，学校得到了快速发展。当时全国高校都在进行全面学习苏联的教学改革，南京工学院在深入学习苏联的同时坚持中国的实际进行创新，建筑系和无线电系提出的教学计划和方案深受兄弟院校好评。在教学改革中，南京工学院增建实验室，调整系科结构，增设了一批新专业。机械工程系创办了中国最早的农业机械、电子精密机械和电子设备结构专业，主编了中国第一本机械类教材《机械原理》 。

1956年至1960年间，南京工学院陆续分出多个系科，组建或参建了4所高等院校。1955年，中央高教部决定将无线电工程系西迁成都，与交通大学、华南工学院相关系科共同组建成都电讯工程学院（今电子科技大学）。经系主任陈章、院长汪海粟和江苏省委的努力争取，1956年周恩来总理决定无线电系调出19名骨干教师参与组建成电，其余停迁。1958年，化学工程系划出成立南京化工学院（今南京工业大学主体）。同年，食品工业系迁往无锡，成立无锡轻工学院（今江南大学主体）。1960年，以机械二系为基础筹建南京农业机械学院，次年迁往镇江并更名为镇江农业机械学院（今江苏大学主体） 。

1978年，南京工学院恢复招收研究生。1981年实施学位条例后，首批获学士、硕士、博士学位授予权。1986年4月经国务院批准试办研究生院。1988年6月，南京工学院更名为东南大学，开始由工科大学向以理工科为主的综合性大学转变 。同年12月东大浦口校区奠基，并于1990年9月投入使用。

1991年，东大作为国家教委的改革试点，在全国高校中率先进行了校内管理体制改革

1993年，东大又在全国高校中最先进行招生及奖学金制度的改革 。

1996年3月，经国家教委批准，正式建立研究生院；12月，东南大学入选首批211工程重点建设高校 。

2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建了新的东南大学。2001年2月，东南大学被列入985工程重点建设高校 。

2006年，占地3700亩的九龙湖校区投入使用，浦口校区被用来作为东南大学成贤学院校址 。[2]

2016年，国家国防科技工业局与教育部共建东南大学。

2017年1月，获得2016年度中国铁道学会科技奖。

2017年5月25日 ，加入中英大学工程教育与研究联盟。

2017年9月，成为首批一流网络安全学院建设示范项目高校  。同月，入选国家“双一流”建设高校名单，被列为世界一流大学建设高校A类。

办学条件
学科建设
截至2018年5月，30个博士学位一级学科授权点，49个硕士学位一级学科授权点，5个国家一级重点学科（涵盖15个二级学科），5个国家二级重点学科，1个国家重点（培育）学科，13个江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科（群），1个江苏省重点序列学科，17个“十三五”江苏省重点学科，30个博士后科研流动站。

在2012年第三轮全国学科评估中，15个学科进入前20%，有12个学科进入全国前七位，有10个学科位列全国前五位，其中生物医学工程、交通运输工程、艺术学理论等3个学科位列全国第一位，建筑学、电子科学与技术、风景园林学等3个学科位列全国第二位，土木工程、城乡规划学等2个学科位列全国第三位，信息与通信工程位列第四位，仪器科学与技术位列第五位，动力工程及工程热物理位列第六位，公共卫生与预防医学位列第七位，排名第一的学科数并列全国高校第七位。工程学、材料科学、数学、物理学、化学、临床医学和计算机科学等7个学科进入ESI世界前1%；工程学上升到第83位 。

重点学科
国家重点学科

电子科学与技术（物理电子学，电路与系统，微电子学与固体电子学，电磁场与微波技术）
信息与通信工程（通信与信息系统，信号与信息处理）
建筑学（建筑历史与理论，建筑设计及其理论，城市规划与设计，建筑技术科学）
交通运输工程（道路与铁道工程，交通信息工程及控制，交通运输规划与管理，载运工具运用工程）
生物医学工程（不分设二级学科）
艺术学，热能工程，控制理论与控制工程，计算机应用技术，结构工程

国家重点（培育）学科（1个）

机械制造及其自动化

江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科（群）（11个）

电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机

科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、医学技术、新材料及其应用（主要依托学科：材料科学与工程、机械工程、化学工程与技术）、新能源发电与利用（主要依托学科：动力工程及工程热物理、电气工程）

一级学科省重点学科（14个）

哲学、数学、生物学、 统计学、光学工程、仪器科学与技术、环境科学与工程、城乡规划学、风景园林学、软件工程、临床医学、公共卫生与预防医学、管理科学与工程、艺术学理论

博硕士学位授予学科　
博士学位授权一级学科点（29个）

哲学、应用经济学、数学、物理学、生物学、统计学、机械工程、光学工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、化学工程与技术、交通运输工程、环境科学与工程、生物医学工程、城乡规划学、风景园林学、软件工程、临床医学、公共卫生与预防医学、管理科学与工程、艺术学理论

硕士学位授权一级学科点（49个）

哲学、 应用经济学、法学、社会学、马克思主义理论、教育学、心理学、体育学、中国语言文学、外国语言文学、数学、物理学、化学、生物学、生态学、统计学、力学、 机械工程、光学工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、水利工程、测绘科学与技术、化学工程与技术、交通运输工程、环境科学与工程、 生物医学工程、城乡规划学、风景园林学、软件工程、 基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、护理学、管理科学与工程、工商管理、公共管理、图书情报与档案管理、艺术学理论、美术学、设计学