历史沿革
1945年2月，在战区第一劳动农场基础上筹建“国立高级农业职业学校”（简称“国立高农”) ，隶属国民党中央教育部，校部设于重庆市江北杨家花园。

1945年10月，开始招生办学。

1946年8月，东迁南通，租用南通市南门外松树路朱公馆及惠潮会馆 一百余间房舍作临时校舍。

1947年元旦，学校更名为“国立南通高级农业职业学校”。不久，迁往三里墩张氏义圆 （ 现南通大学钟秀校区 ) 办学。

1949年1月，迁往上海沪西金司徒庙和高桥；同年7月，回南通市三里墩校址复课。

1949年10月，学校改称“苏北南通农业学校”。

1951年7月，迁往南通狼山脚下办学。

1953年10月，学校改名为“江苏省南通农业学校”。

1958年7月，学校增挂南通农业专科学校校牌，并在如皋薛窑地区增设南通农业学校永平分校。

1959年，南通农校和南通农业专科学校迁往如皋薛窑与永平分校合一。

1962年10月，学校改为南通专区农业干校。

1965年，复办江苏省南通农业学校。

1975年4月，经江苏省革委会批准成立“南通地区五七农业大学”，实行南通地区五七农业大学、农科所、农机站、粮棉原种场、种猪场五位一体的领导机制。

1979年4月，学校正式恢复“江苏省南通农业学校”。

1992年，学校通过国家农业部合格评估。

1998年，顺利进入省部级重点中专行列。

2000年，成为首批国家级重点中专。

2003年7月，学校升格为“南通农业职业技术学院”。

2014年10月，经江苏省人民政府批准学校更名为南通科技职业学院。

2015年11月27日，正式挂牌更名为南通科技职业学院。

办学条件
院系专业
截至2015年12月，南通科技职业学院共建有生物工程系、园林园艺系、环境与资源系、机电工程系、经济贸易与管理系、人文科学系、信息工程系、继续教育学院、天樱国际教育学院、基础教学部等教学机构，开设高职专科专业52个。

师资力量
截至2015年12月，南通科技职业学院共有教职工400余人，其中专任教师247人，副高以上人员占比为36.03%，具有硕士以上研究生学位人员占为55.02%，“双师”素质人员占比达到85%以上；共有江苏省“333”人才工程第三层次人才2人，南通市“226”第二、第三层次培养对象18人；拥有江苏省青蓝工程培养对象优秀青年骨干教师4人、中青年学术带头人2人；有院级教学名师27人，南通市教学名师4人，全国农业职业教育教学名师7人。

江苏省“333”人才工程第三层次人才：顾卫兵、张跃群

江苏省青蓝工程培养对象优秀青年骨干教师：张跃群、乔启成、严林俊、李智水

江苏省青蓝工程培养对象中青年学术带头人：邵元健、姜大庆

全国农业职业教育教学名师：顾卫兵、蔡银杰、陈建军、佘德琴、沈建忠、杨春和

江苏省优秀教学团队：植物保护专业优秀教学团队（顾卫兵，2008年获批）、农作物生产技术教学团队（黄建晔，2010年获批）

教学建设
截至2015年12月，南通科技职业学院共有1个江苏省品牌建设专业，3个江苏省示范性高职院校重点建设专业，3个省级重点专业群；国家级实训基地2个、省级实训基地2个；教育部教指委精品课程1门、省级精品课程7门、省级成人教育精品课程1门。

2015年，南通科技职业学院共获得各类教学成果奖15项，其中，基于“企业学院”的软件准职业人培养机制的研究与实践、产教融合、知行合一——南通科院电气专业的探索与实践、应用型软件工程人才培养模式的研究与实践等三个教研成果获得第六届全国农业职业教育教学成果一等奖。