内蒙古医学院始建于1956年 ，中国在少数民族地区最早建立的高等医学院校之一，当时隶属于国家卫生部。

1958年，学校划归内蒙古自治区管理。

1956年，开始招收本科生。

1978年，开始招收研究生。

1981年，获得硕士学位授权资格。

1982年，内蒙高教局批准该校正式成立校级学位评定委员会。

1986年，在教务处内设立研究生科，配备了专职人员，从此研究生教育开始了规范化教育阶段。

1998年，成立了研究生处级建制单位，教务处原研究生科的管理职能划归研究生处，同时撤消研究生科。

1999年，获得同等学力人员申请硕士学位的授权资格。

2001年，学校机构改革，研究生处改制为研究生部并划为业务职能部门。

2003年，获准成为临床医学硕士专业学位培养单位。

2004年，成立了研究生学院同时撤消了研究生部，属于二级教学单位。

2005年起，先后与北京中医药大学、首都医科大学、天津中医药大学联合培养博士研究生。

2009年，获准成为口腔医学硕士专业学位培养单位。

2009年，学校被内蒙古自治区政府确定为自治区博士学位授权立项建设单位。

2012年3月，经教育部批准，内蒙古医学院正式更名为内蒙古医科大学。