历史沿革
石河子医学院
1949年8月1日，人民解放军第一野战军解放了甘肃天水，第一兵团司令员王震指示卫生部长潘世征办学校、办医院，在天水火车西站成立了第一兵团卫生学校筹备委员会，就地开展招生组建工作。10月16日，全校师生奉命进军新疆，行军到达哈密、吐鲁番后，根据兵团指示分南北两路进疆，南路由王逐北率领二、四大队由吐鲁番步行43天到达喀什，建立了南疆医训队。北路由政委李国清率领一、三大队，由哈密改乘苏联军用飞机到达迪化。一、三大队360名学员、24名教学工勤人员，与原联勤总部驻新疆卫生人员训练组46人合并，组建成立新疆军区卫生学校。

1950年1月19日，卫校教工三百余人，全部到达新疆迪化，驻东门外大营房。第一兵团卫校进疆后改为新疆军区卫生学校。

1952年4月25日，新疆军区卫生部助产学校下马，其低年级学生130人编入卫校，成立护士班。

1954年8月12日，根据军区生产管理部通知，学校由东门外迁往老满城新址。10月，新疆军区生产建设兵团成立，卫校划归兵团，更名“新疆军区生产建设兵团卫生学校”。

1958年5月27日，学校全离开乌鲁木齐搬迁至石河子。

1959年8月，学校正式列入国家统一分配招生计划，并指定在四川、河南招收本科学生。12月，兵团卫生学校扩升为新疆军区生产建设兵团医学专科学校。

1970年2月，学校为师级单位，隶属兵团后勤部，全称“中国人民解放军新疆军区生产建设兵团医学专科学校”。5月，新疆军区生产建设兵团撤消，学校改名为“石河子医学专科学校”，归自治区教育局管理。

1975年8月25日，学校由医学专科学校升格为医学院，正式命名为“石河子医学院”。

1976年，兵团第二医院护士学校更名为“石河子医学院护士学校”。

1978年10月26日，遵照教育部的批示正式命名为石河子医学院。

石河子农学院
1959年2月20日，正式启用农学院印章。4月1日，兵团决定将石河子农业试验场与石河子园艺队合并，划归农学院建制，改名“兵团农学院实习农场”。11月24日，中国人民解放军新疆军区生产建设兵团农学院成立。

1959年11月1日，新疆军区生产建设兵团农学院在石河子成立。石河子园艺队、新疆军区生产建设兵团机务训练班并入新疆军区生产建设兵团农学院。

1960年，由于“文化大革命“停止招生，毕业学生停止分配。

1969年，新疆军区生产建设兵团农学院撤销。

1970年9月，新疆军区生产建设兵团农学院复校。

1971年，学院从石河子搬迁到奎屯，学院为师级单位，直属兵团领导。

1976年，原新疆军区生产建设兵团农学院，改名为“奎屯农学院”，由伊犁哈萨克自治州领导。2月，“奎屯农学院”改名为“新疆维吾尔自治区石河子农学院”，为农牧渔业部直属高校。

1979年，新疆军区生产建设兵团奎屯农学院更名为石河子农学院。

1990年，国务院学位委员会批准石河子农学院为硕士学位授予单位，设立4个硕士学位点，经自治区科学技术协会批准，新疆农业工程学会，挂靠石河子农学院。

1993年，兵团经济研究所从石河子迁至学校。

1994年，兵团食品研究所成立，该所挂靠在石河子农学院。

折叠兵团经济专科学校
1959年冬，新疆军区生产建设兵团会计培训队在乌鲁木齐成立。

1961年，会计培训队迁至石河子，利用合成氨厂的空房子举办了第二、三、四期培训班，约146人。

1962年，学校被迫由石河子迁往南疆和静县的哈拉毛墩，兵团会计培训队更名为兵团财经训练班。10月，兵团正式宣布成立“新疆军区生产建设兵团财经干部学校”。校址设在石河子。

1968年8月，学校被宣布撤销。

1980年8月，新疆维吾尔自治区农垦总局拟利用原生产建设兵团在奎屯所建的奎屯农学院院址办一所“农垦总局财经干部学校”。恢复“新疆生产建设兵团财经干部学校”番号，校址设在乌鲁木齐三坪农场。

1983年，兵团恢复兵团财经学校，校址设在五家渠。

1984年1月31日，兵团明确该校为部属学校，实行部和自治区双重领导，而以部为主，校址设在五家渠。12月14日，农牧渔业部批准成立兵团经济专科学校，同时保留兵团财经学校。

兵团师范专科学校
1960年4月，兵团根据自治区党委指示，决定成立和改建12所全日制专业技术学校，在石河子筹建兵团师范学院。校址在石河子中学校园中的西北角，大门面向西小路。因筹建时间太短，先成立师专，招收内地支边青年中高中毕业生150人，开设中文、数学、俄语3个专业，学制两年。

1962年，兵团师范专科学校停办。

1981年，经新疆生产建设兵团教育委员会报请新疆维吾尔自治区教育厅批准，兵团教师进修学院在奎屯市成立。12月，新疆生产建设兵团恢复，农垦教师进修学院划归兵团领导。

1983年，“新疆生产建设兵团教师进修学院”改称为“新疆生产建设兵团教育学院”，正式批准成立新疆生产建设兵团师范专科学校。

石河子大学

1996年9月11日，农业部部属的石河子农学院与石河子医学院、兵团经济专科学校、兵团师范专科学校合并组建成立石河子大学，所属划归新疆生产建设兵团。兵团经济专科学校建制被取消，转为“兵团职工大学”，保留“兵团财经学校”校牌，继续留五家渠办学，同时，挂牌“石河子大学职业技术学院”。

1997年10月，原兵团经济专科学校与农八师石河子职工大学合并组建兵团职工大学，同时加挂石河子大学职业技术学院校名。

2000年2月，石河子大学实行中央与新疆生产建设兵团共建，以新疆生产建设兵团为主的领导体制。3月，撤销石河子大学奎屯分校暨石河子大学成人教育学院奎屯分院建制，成建制交农七师组建“农七师高级中学”，兵团职工大学五家渠部分并入石河子大学，命名为石河子大学五家渠分校。8月，学校列入西部大开发重点建设大学。

2001年4月，学校将“五家渠分校”正式命名为“石河子大学商学院”，将“兵团财经学校”从“商学院”迁出。

2002年4月，学校开始招收留学生，首批22名学生来自巴基斯坦。8月，石河子大学科技学院成立。

2003年9月，国务院学位委员会批准石河子大学为博士学位授予单位，设立作物栽培学与耕作学、动物遗传育种与繁殖、农业经济管理3个博士学位点。

2004年5月，教育部与新疆生产建设兵团决定共建石河子大学。

2005年4月，石河子大学化学工程与技术等11个学科纳入教育部“援疆学科建设计划”，接受天津大学、浙江大学、华中科技大学、四川农业大学、西北农林科技大学的支援。6月，新疆军区与石河子大学签署依托培养协议，学校开始为部队培养后备军官。

2006年，入选国家大学生文化素质教育基地。

2008年12月，学校进入国家“211工程”重点建设高校行列。

2010年4月，被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”。

2012年，学校入选国家中西部高校综合实力提升工程、中西部高校基础能力建设工程重点建设高校行列。3月，石河子大学马克思主义学院成立。11月，学校入选教育部卓越医生教育培养计划。

2013年11月，学校入选第三批教育部卓越工程师教育培养计划。

2014年9月，学校入选教育部第一批卓越农林人才教育培养计划。

2016年，学校成为国家“一省一校”重点建设高校。

2017年9月，学校入选国家“双一流”世界一流学科建设高校名单。

2018年3月，学校入选“部省合作共建高校”，纳入教育部直属高校序列。9月13日，石河子大学医学院（塔里木大学）分院揭牌仪式在塔里木大学举行。

办学条件
截至2018年5月，学校设有20个二级学院，以及高职学院、继续教育学院、科技学院、孔子学院四个独立学院。共92个本科专业。