历史沿革
1958年，昌吉州合作干部学校创建;

1959年，昌吉州合作干部学校更名为昌吉农业学校;

1972年，昌吉农业学校改建为昌吉州共产主义劳动大学，后改建为昌吉农业学校;

1988年，昌吉农业学校更名为新疆维吾尔自治区农业学校;

2000年新疆维吾尔自治区农业学校升格为新疆农业职业技术学院(高职院校)

2002年，成为全国30所重点职业院校建设单位;

2006年，新疆农业技师培训学院创建(合署);

2006年12月，学院被选定为首批28所国家示范性高等职业院校建设单位之一;

2009年11月，学院以优异成绩通过示范院校建设验收。

院系设置
学院设有生物科技分院、园林及食品科技分院、动物科技分院、经济贸易分院、工程分院、信息技术分院、国际合作分院等13个分院，开设有种子生产与经营、畜牧兽医、园艺技术、机电一体化技术、水利工程、会计与审计、计算机网络技术、物联网应用技术等57个专业。