历史沿革
1984年，在内蒙古呼和浩特召开的全国第二次民族医药工作会议提议成立新疆维吾尔医学专科学校。同年九月，经新疆自治区人民政府批准。

1985年，开始筹建。

1987年，开始招生。

1989年，经教育部(原国家教委)正式批准成立。学校的成立实现了维吾尔医医药学教育从传统的师带徒方式向正规化现代高等教育方式的转变，在维吾尔医药学教育发展史上揭开了新的篇章。

2006年底，和田卫校整建制并入新疆维吾尔医学专科学校。

2011年9月，学校从自治区卫生厅归口至自治区教育厅管理。学校现隶属于自治区教育厅，受自治区教育厅及和田地区行署双重管理。

办学条件
院系设置
学校专科层次现有维医学、维药学、护理学、医学检验技术、康复治疗技术等5个高职专业，其中维医学专业是自治区级特色专业，医学检验技术专业是自治区级重点专业。中等职业教育层次现有乡村医师、护理、妇幼保健、药剂、助产士、检验技术、影像等7个中职专业。2005年，与江西中医学院联合开办中医学维医方向、维药方向两个普通本科(方向)专业。成人教育专科层次开设有维医学、维药学专业，与新疆医科大学继续教育学院联合开办本、专科层次西医临床、护理学专业和本科层次维医学、维药学专业。正在与安徽中医药大学、西安交通大学医学院磋商联合办学事宜，争取年内实现成人教育的联合办学。该校实行普通高等教育和成人教育大专，普通中专及成人本专科教育。该校设立高校国家奖学金、高校国家励志奖学金、自治区人民政府高校助学金和学校勤工助学制度。