1950年，时任新疆省人民政府副主席赛福鼎·艾则孜同志随同毛泽东主席访问前苏联，在他的积极提议下，毛主席批准在新疆建立医学高等学府。后来经过周恩来总理的亲自筹划，建设新疆医学院被纳入"一·五"计划，成为前苏联援建我国的156个重点项目之一。

1954年7月，新疆医学院破土动工。自此，卫生部就从陆续自上海、沈阳、山东等地区选调了大批优秀的教师来到新疆医学院，支援边疆医药卫生教育事业的创建工作。

1956年7月，新疆医学院建成招生，初期建立了14个基础医学教研室，10个临床医学教研室。

1956年10月，开学典礼隆重举行，同期学院第一附属医院建成开院，附属护士学校建成招生。

1962年，新疆医学院医疗系第一期、第二期共189名学生相继毕业。

1972年，学院开始招收首批工农兵学员，并为西藏阿里地区培养了藏族专业医务人员。同期，学院先后派出多批医疗队，分赴天山南北，开展疾病普查和防治工作。

1977年，文革后通过高考录取的第一批临床医疗本科生及卫生系、药学系、基础医学师资班等均获准招收新生，硕士生的招生培养工作也同时启动。

1978年，世界卫生组织(WHO)正式认可学校为国际医学教育机构。

1986年，经国务院学位委员会批准，被授予西北地区首批博士学位授权学校，即自治区第一个博士学位点授权点(心血管内科博士点)。

1989年12月，第三附属医院(即自治区肿瘤医院)落成开院，学院的医疗和临床教学工作得到了充实和加强。此外，附属肿瘤医院成功地实施了自治区首例无血切肝术，一附院泌尿外科完成了自治区首例异体肾移植手术，充分展现出学院临床医疗的先进水平。

1990年，学院首次招收3名留学生。

新疆中医学院
1946年，在新疆"三区"革命时期建立伊犁医士学校。

1954年，原伊犁医士学校更名为新疆乌鲁木齐卫生学校。

1961年4月，经自治区党委文教部批准，将乌鲁木齐市卫生学校改制成立新疆维吾尔自治区中医学校，设有中医、中药、药剂三个专业。1978年开始招收大专生和本科生。

1985年、1986年先后经国家教委和自治区人民政府批准，在原中医学校、自治区中医医院和自治区中医研究所的基础上成立新疆中医学院，1989年4月经自治区编委确定为正厅级单位。当时，学院设有中医、中药、针灸三个本科专业和中医、中西医结合、中医骨伤等本科专业方向，并开设中医学、中医高护等专科专业。

1994年新疆中医学院挂靠上海中医药大学与上海中医药大学联合首次招收中医内科、中西医结合内科、针灸和医古文等专业的硕士研究生。

合并至今
1998年6月，经国家教育部和自治区党委、政府批准，新疆中医学院与新疆医学院合并成立新疆医科大学。时任国家主席江泽民亲自为新疆医科大学题写了校名。

2006年9月18日，新疆医科大学建校五十周年庆典在校体育中心隆重举行。中共中央政治局委员、自治区党委书记王乐泉，自治区领导司马义·铁力瓦尔地、艾斯海提·克里木拜、聂卫国、张秀明、努尔·白克力、杜秦瑞、库热西·买合苏提到会祝贺。

2011年11月4日，卫生部与新疆维吾尔自治区人民政府在北京签订合作协议，共同建设新疆医科大学，学校正式成为省部共建区内重点高校。

学术研究
科研机构
截止2014年2月，学校有1个科技部省部共建国家重点实验室培训基地 ，1个教育部省部共建重点实验室;5个自治区级重点实验室;自治区级研究所(中心)15个，新疆维吾尔自治区"2011协同创新中心"1个。有19个自治区级研究所(中心)。

科技部省部共建国家重点实验室培育基地(1个):新疆维吾尔自治区重大疾病医学国家重点实验室培训基地

教育部省部共建重点实验室(1个):新疆维吾尔族高发疾病研究重点实验室

自治区级重点实验室(5个):地方病分子生物学实验室、新疆包虫病基础研究实验室、新疆心血管病研究实验室、新疆名医名方与特色方剂学实验室、新疆医学动物模型研究实验室

教育厅重点实验室(5个):呼吸生理病理实验室、病原生物学实验室、新疆特色药材标准化重点实验室，新疆特色资源、环境与健康实验室，疆代谢性疾病重点实验室

新疆维吾尔自治区"2011协同创新中心"(1个):新疆重大疾病防治与转化协同创新中心