历史沿革
1949年2月至1949年8月，冀鲁豫区菏泽师范学校建立。

1949年8月20日平原省建立，冀鲁豫边区菏泽师范学校改为平原省立菏泽师范学校，主管单位平原省教育厅。

1952年12月平原省撤消，菏泽、聊城两地区划入山东省，平原省立菏泽师范学校改称山东省菏泽第一师范学校，简称菏泽一师，由山东省教育厅主管。

1958年7月山东省和菏泽专署为了解决菏泽地区中学师资的困难，决定以菏泽第一师范学校作基础，改建为菏泽师范专科学校。

1962年5月学校传达山东省文教口精简机构会议精神，党委会研究调整撤消工作，6月学校制定了撤消工作计划。1963年11月25日起，该校停止对外办公和一切联系。

1970年7月，山东财经学院被撤消，把人员和学校设备分别搬迁到惠民和菏泽两地，改办惠民、菏泽两处师专，菏泽师范专科学校得以再建。

1978年经国务院批准，菏泽师范专科学校为普通高等师范专科学校。

2002年1月7日，经山东省人民政府批准，将菏泽教育学院、菏泽广播电视大学、菏泽农业学校、菏泽师范学校并入菏泽师专，筹建菏泽学院。

2004年5月17日，菏泽学院成立，教育部正式批准菏泽学院为普通本科高校。

2012年，学校收归山东省教育厅主管，顺利通过了教育部本科教学工作合格评估。

办学规模
院系设置
截至2018年6月，现有本科专业63个，涉及文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、农学、教育学、管理学、艺术学10大学科门类。

本科专业
历史学、思想政治教育、汉语言文学、广播电视学、劳动与社会保障、财务管理、物流管理、经济学(金融服务与金融理财方向)、英语、日语、美术学、视觉传达设计、动画、环境设计、产品设计、音乐学、音乐表演、心理学、数学与应用数学、信息与计算科学、计算机科学与技术(软件外包方向)、计算机科学与技术(3D仿真设计方向)、计算机科学与技术(说明:与惠普合作培养软件开发)、计算机科学与技术(说明:与惠普合作培养软件测试)、网络工程、计算机科学与技术、物理学、电子信息科学与技术(物联网方向)、电子信息科学与技术、化学、能源化学工程、化学工程与工艺、生物工程、环境科学与工程、体育教育、民族传统体育、土木工程、设施农业科学与工程、食品科学与工程、园林、动物科学、制药工程、机械电子工程、自动化、材料成型及控制工程、小学教育、特殊教育、学前教育。

专科专业
行政管理、语文教育、文秘、法律事务、会计电算化、经济管理、物流管理、市场营销、电子商务、商务英语、心理咨询、数学教育、计算机应用技术、应用电子技术、电子信息工程技术、应用化工技术、生物技术及应用、城镇规划、建筑工程技术、设施农业技术、园艺技术、环境艺术设计、艺术设计、生物制药技术、机电一体化技术、初等教育、学前教育。