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1931年11月， 中国共产党在江西瑞金召开了第一次全国苏维埃代表大会，成立了以毛泽东为主席的中央民主政府。

为了适应革命战争的需要，经中央军委批准，11月20日，中国共产党创办的第一所军医学校在江西瑞金诞生，贺诚任校长。

1932年2月，中国工农红军军医学校在江西雩都举行军医期第一期开学典礼，毛泽东同志为学校制定了“政治坚定，技术优良”的办学方针。红军总司令朱德、总参谋长叶剑英到会并讲话。

10月，学校在设立军医期的基础上，陆续开设了调剂班、看护班、卫生员班和卫生长班。中央军委将中国工农红军军医学校更名为中国工农红军卫生学校。学校设立政治处、教育处和总务处。

1934年10月，为粉碎国民党军队对中央革命根据地进行的第五次"围剿"，中央红军开始战略性大转移，进行二万五千里长征。中国工农红军卫生学校随中央军委，于10月中旬从瑞金出发。

1936年10月，中国工农红军卫生学校随中央军委到达陕北。

1940年，学校迁至延安后得到迅速发展，经毛泽东同志提议，学校更名为中国医科大学。王斌继续担任学校校长。学校设校部。 学校《校章》中规定，学校的性质是："在中国共产党的领导下，从事培养技术人才的学校"；学校的办学目标是："培养革命的技术优良的卫生干部，适应抗战建国的需要，为民族解放与共产主义事业奋斗到底"；教育方针规定为："培养政治坚定、思想正确、忠于职责、贯彻始终的卫生工作者"。学校对学制进行了调整，军医期为四年制，制药班为三年制，调剂班为一年制。

1945年11月18日，根据党中央建立巩固东北革命根据地的指示精神，中国医科大学从延安出发，挺进东北。

1946年7月，中国医科大学到达黑龙江兴山（现鹤岗市），合并了东北军医大学（前身为哈尔滨陆军军医学校）。

1947年1月，中国医科大学合并东北大学医学院和原哈尔滨医科大学一部分。学校设有一所设备完善的附属医院，医院下辖4个所，每个所300 --400张床位。

1948年初，中国医科大学设立4所分校，在龙井将吉林军大分校设立为第一分校，以内科为主；在哈尔滨建立了第二分校，以五官科为主；将通辽市辽东军区医专设立为第三分校；将平谷地区 冀热辽医专设立为第四分校。

1948年10月，奉上级命令，学校派副校长李亭植率领部分干部、师生接收原长春大学医学院，组成长春军医大学；第一、第二分校合并为现哈尔滨医科大学，第三分校合并到总校；第四分校组建为现承德医学院。

1948年11月，东北全境解放，中国医科大学奉命进驻沈阳，根据东北行政委员会暨东北军区司令部指示，先后合并了原国立沈阳医学院（前身为满州医科大学，1911年由日本国南满铁道株式会社建立）和原私立辽宁医科大学（前身为盛京施医院医学堂，1883年由英国基督教联合长老会派遣的医学传教士建立）。 [5] 

1949年5月，遵照东北军区暨东北行政委员会命令，中国医科大学由中国人民解放军划归东北行政委员会领导。任命东北行政委员会卫生部部长王斌兼任校长，卫生部副部长白希清兼任副校长，陈应谦、阙森华任副校长，并成立校长办公室。学校设基础一院、基础二院、内科学院、外科学院、牙科学院、公共卫生学院、妇婴学院等8个学院。

1949年7月，东北药学院并入中国医科大学，为药学院。

1950年3月，中国医科大学首次在全国招收具有高中文化程度的学生。学制为五年制。

1950年10月，朝鲜战争爆发， 根据上级指示，学校部分师生组成手术队和担架队，并在黑龙江省北安县成立北安医院，承担中国人民志愿军抗美援朝伤员的救护工作。

1952年10月，根据国家教育部关于院系调整的决定，中国医科大学药学院改名为东北药学院（现沈阳药科大学），脱离中国医科大学建制。

1954年8月，东北人民政府行政机构撤消，中国医科大学划归国家卫生部领导。

1955年10月，中国医科大学接受国家卫生部分配的研究生培养任务，使中国医科大学成为中国最早设立研究生教育的学校之一，也中国医科大学研究生教育的开端。

1955年7月，根据国家教育部关于院系调整的决定，中国医科大学公共卫生学系并入哈尔滨医科大学，学校设卫生教研组；哈尔滨医科大学儿科学系并入中国医科大学。

1955年8月，根据国家卫生部指示，学校建立医疗系、儿科学系。

1956年9月，根据国务院关于医学院校调整的决定，中国医科大学改名为沈阳医学院。1962年，公共卫生学系重新并入哈尔滨医科大学。

1976年，根据国家教育部指示，学校开始承担培养留学生任务，来至8个国家的留学生入学。学校重建公共卫生学系。

1978年3月，经国家卫生部批准，学校恢复中国医科大学校名。

1978年3月1日，中国医科大学召开大会，隆重庆祝学校恢复中国医科大学校名并挂校牌，国家有关部委和省、市领导亲自到会表示祝贺。

1978年9月，中国医科大学在全国首次设立六年制英语医学班。

1981年11月，国务院批准中国医科大学全国首批博士、硕士学位授权学科、专业和导师，博士学位授权学科专业2个，硕士学位授权学科专业21个。

1982年3月，经国家卫生部批准，中国医科大学成立学位评定委员会，根据国家关于学位授予有关规定，首次授予32人为医学学位。

1987年5月，中国医科大学附属口腔医院举行开院典礼，成为辽宁省第一所大学本科口腔专业教学医院。

1994年5月，中国医科大学在原基础医学部建制基础上成立基础医学院。

学校是原国家卫生部部属高等医学院校，2000年划转为辽宁省人民政府管理

2010年5月，该校沈北新区新校园建设用地获国务院正式批准。

2010年7月，新校园奠基仪式在沈北新区新校园场区。

2010年9月，该校与英国女王大学签署教学、科研战略合作协议 。

2010年10月，该校与日本东北大学医学部签署合作备忘录 。

2014年11月，老校区搬迁至沈北校区。

2015年12月，中国医科大学的临床医学、药理学与毒理学、神经科学与行为学学科、生物学与生物化学的学术影响力进入ESI排名世界前1% 。

2016年，辽宁省人民政府、国家卫生计生委、教育部共建中国医科大学。

2017年，入选辽宁省一流大学重点建设高校（国内高水平大学重点建设高校）；同年，辽宁省计划生育研究院划转中国医科大学。

2018年9月26日，中国医科大学与中国科学院沈阳分院签署全面战略合作协。

教学单位

截至2015年6月 ，该校设有研究生院、基础医学院、公共卫生学院、法医学院、护理学院、药学院、中国医科大学-贝尔法斯特女王大学联合学院、中国医科大学第一临床学院、中国医科大学第二临床学院、中国医科大学第四临床学院、口腔医学院、临床医药学院、国际教育学院、学人文社科学院（马克思主义学院）、医学影像系、医学信息学系、病理学系、生物医学工程学系、运动医学系、医学检验学系、理工学部、细胞生物学系、高等职业技术学院、网络教育学院、继续教育（成人教育）学院、学实验动物部、中国医科大学北京分校等33个院、系、部