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1951年03月，山东大学和华东大学合校，仍命名为山东大学。华岗任校长兼校党委书记，童第周、陆侃如为副校长、设文、理、工、农、医五个学院，分中国文学、历史学、外国文学、数学、物理学、化学、动物学、植物学、地质矿物学、水产学、土木工程学、机械工程学、电机工程学、农艺学、园艺学、病虫害学、政治学、艺术学18个系。其中政治和艺术为两个直属系。学校积极贯彻党的教育方针，推进教学改革，大力开展科学研究。1951年创办《文史哲》杂志和《山东大学学报》，开辟了科学园地，促进了学术争鸣。从此山东大学又进入了学术繁荣的新阶段。

1951年6月13日，山东省立工业专科学校升格并更名为山东工学院。

1952年夏，进行全国高等院校调整。山东大学根据中央教委部关于高等学校院系调整的方案，调整的院系有：（一）政治系，迁至济南，组成山东政治学校（今中共山东省委党校）。（二）艺术系戏剧组，迁至上海，与上海戏剧专科学校合并，组建成中央戏剧学院华东分院（今上海戏剧学院）。（三）艺术系音乐、美术两组，迁至无锡，与上海美术专科学校、苏州美术专科学校合并，组建成华东艺术专科学校（今南京艺术学院）。（四）工学院和土木系，和原山东工学院的土木、纺织系合并，组建成青岛工学院，后又迁至武汉与有关系科合并，成立武汉测绘学院（今武汉大学测绘学院）。（五）工学院的机械、电机两系，迁至济南，调入原山东工学院，组建成新的山东工学院。（六）农学院的农艺、园艺、植物病虫害学三系，迁至济南，与原山东农学院合并，组建成新的山东农学院（今山东农业大学）。（七）医学院1956年独立，扩建为青岛医学院。（八）理学院的地矿系迁至长春，与有关院校系科合并，组建成长春地质学院。（九）1954年教育部拟改变高等学校的布局，指令由山东大学负责，在郑州筹建一所新的大学，由山东大学支援师资，即现今的郑州大学。（十）在迁校济南时，留在青岛的系科，独立建立山东海洋学院（今中国海洋大学）。

1952年9月，经华东区高等学校院系调整委员会决定，撤销齐鲁大学，其医学院与原山东医学院合并，成立新的山东医学院，校址设在原齐鲁大学校址。

山东大学在院系调整中，分出的系科和其他院校组建了十所高等院校，取消了院一级组织，留有中文、历史、外文、数学、物理、化学、生物、水产八个系，增设海洋学系，建立文学历史和海洋物理两个研究所，成为教育部直属的以文、理为主的综合大学。中文、历史两专业开始招收研究生，还接收朝鲜、越南、苏联等国的留学生，学校的影响扩及国外。1955年华岗受诬陷去职，稍后童第周调中国科学院工作。1956年7月山东省副省长晁哲甫出任校长兼党委书记。1957年外文系师生进入上海外国语学院，外文系撤销。1958年夏晁哲甫奉调回省，国务院任命成仿吾为校长兼校党委书记。

1958年7月，山东大学归由山东省领导，同年10月奉命迁校济南。文科的中文、历史两系和理科数学、物理、化学、生物四系搬迁济南，海洋、水产和正筹建的地矿三系留在青岛。这期间根据科学发展和国家建设事业的需要，于1959年秋恢复了外文系，1960年重设政治系，建成原子能系和电子系，学校由迁济时的6个系10个专业，增至政治、中文、历史、外文、数学、物理、化学、生物学、原子能（后学生并入复旦大学，该系撤销）、电子10个系。建立了中国古典文学、中国现代文学、美国文学、中国古代史、微分方程（控制论）、磁学、晶体、微生物九个校属研究室。有八个专业接受培养研究生。设有三个专业业余大学，六个专业函授班，并招收函授研究生，在校业余和函授生达到4000人。同时，恢复了外国留学生培养工作。学校迁济后，从1959年开始兴建新校舍，到1966年“文革”前七年，共建成文史、化学两栋教学校，6栋学生宿舍楼，三个食堂，13栋教工宿舍楼和部分辅助用房，总面积五万平方米。全校九个系分住两地，校部机关和外文、物理、电子、生物四系仍住原处，称老校；政治、中文、历史、数学、化学五系迁新校舍，称新校。1961年学校复归教育部领导，学校在文史见长的优势中，向社会科学领域开拓；在理科的扬长避短中，突出数学、磁学、晶体、微生物的六十年代新特色，为学校以后的发展打下了良好的基础。1966年开始了“文化大革命”。6月殃及山东大学校园，全校机构随之瘫痪。1967年后，校内山头林立，学校的一派组织夺权后，把校名改为“鲁迅大学”，直到1970年才又恢复了山东大学校名。1970年夏，山东省革命委员会将山东大学一分为三：政治、中文、外文、历史四系南迁曲阜，与曲阜师范学院合并，时称为山东大学；生物学系迁奉泰安，并入山东农学院；校部机关和数学、物理、电子、化学、光学（新建）五系留在济南，成立山东科学技术大学。1973年周恩来总理在病中得悉这一情况，立即签署恢复山东大学原建制的指示，1974年初山东大学恢复原建制，山东科学技术大学即行撤销。

1978年底，国务院决定对山东医学院实行由卫生部和山东省双重领导，并以卫生部为主的新的领导体制。

1983年9月19日，山东省人民政府同意山东工学院改名为山东工业大学。

1985年5月，卫生部决定山东医学院更名为山东医科大学。

1997年，山东大学进入“211工程”建设序列。

2000年7月，山东大学、山东医科大学、山东工业大学合并组建新的山东大学。

2001年2月，进入“985工程”序列。

2015年10月，山东大学被确定为第一批“地方立法研究服务基地”，与烟台大学、山东政法学院等5所高等院校接受了授牌仪式。

2017年2月14日，山东大学校友会公开发表致校友的一封信，确认在济南市章丘区建设主校区；2月27日，山东大学与济南市签署了《山东大学主校区建设框架协议》。

2017年9月，山东大学入选国家“双一流”（世界一流大学和一流学科）建设高校。

2018年6月13日，山东大学与上海财经大学举行合作交流座谈会并签署战略合作协议。

办学规模
校区设置

山东大学在济南、威海、青岛设有8个校区（其中1个在建），分别是：

山东大学中心校区：山东省济南市山大南路27号，邮编250100

山东大学洪家楼校区：山东省济南市洪家楼5号，邮编250100

山东大学趵突泉校区：山东省济南市文化西路44号，邮编250012

山东大学千佛山校区：山东省济南市经十路17923号，邮编250061

山东大学兴隆山校区：山东省济南市二环东路12550号，邮编250002

山东大学软件园校区：山东省济南市舜华路1500号，邮编250101

山东大学（威海）（内部称山东大学威海校区，原名山东大学威海分校）：山东省威海市文化西路180号，邮编264209

山东大学（青岛）（在建，计划2016年启用，内部称山东大学青岛校区）：山东省青岛市即墨市滨海路72号，邮编266237

院系设置
据2017年4月山大官网信息显示，该校下辖35个二级学院，开办本科专业118个（包括威海校区），涉及哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学等12大学科门类。

中心校区：哲学与社会发展学院、经济学院、文学与新闻传播学院、历史文化学院、数学学院、物理学院、化学与化工学院、信息科学与工程学院、生命科学学院、环境科学与工程学院、管理学院、马克思主义学院、国际教育学院、经济研究院、儒学高等研究院（山东大学文史哲研究院）、外国语学院大学外语教学部、晶体材料研究所、环境研究院、山东大学齐鲁证券金融研究院

洪家楼校区：政治学与公共管理学院、法学院、艺术学院、外国语学院

趵突泉校区：齐鲁医学部（医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院、护理学院）

千佛山校区：材料科学与工程学院、机械工程学院、控制科学与工程学院、能源与动力工程学院、电气工程学院、土建与水利学院、体育学院

兴隆山校区：体育学院（除高水平运动员）、信息科学与工程学院（一二年级）、经济学院（一年级）、管理学院（一年级）、法学院（一年级）、政治学与公共管理学院（一年级）

软件园校区：软件学院、计算机科学与技术学院、加拿大高等教育基础部

山东大学（威海）：韩国学院、商学院、法学院、新闻传播学院、翻译学院、艺术学院、海洋学院、机电与信息工程学院、空间科学与物理学院、继续教育学院、数学与统计学院、国际教育学院

山东大学（青岛）（计划2016年搬迁）：信息科学与工程学院、生命科学学院、计算机科学与技术学院、环境科学与工程学院、政治学与公共管理学院、法学院