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1936年9月，国立药学专科学校（四年制）创校；

抗战时期，学校迁址汉口，复迁重庆。

1950年6月，学校更名为华东药学专科学校。

1952年11月，齐鲁大学药学系和东吴大学药学专修科并入，成立华东药学院。

1953年，武汉中南卫生专科学校药剂专科班并入。

1955年，学校开始招收研究生。

1956年6月，更名为南京药学院。

1982年，获得首批硕士、博士学位授予权。

1986年10月，与南京中药学院合并，成立中国药科大学。

1996年，进入国家“211工程”。

2000年2月，转为教育部直属。

2001年，江苏省药科学校并入。

2011年，进入“985工程优势学科创新平台”项目。

中国药科大学下辖10个院部系，在22个本科专业，5个高职专业招生。

中国药科大学有药学、中药学2个一级学科博士点，24个博士学位授权点，29个硕士学位授权点。设有药学、中药学2个博士后流动站，23个学科专业可招收博士后研究人员。药学一级学科为国家一级重点学科，覆盖6个二级国家重点学科。药理学、中西医结合为江苏省重点学科。

中西医结合、药学、中药学。
　　

工商管理、生物学、化学工程技术、中西医结合、药学、中药学。

药学、中药学。
　　

教育部2008年学科评估中，中国药科大学一级学科药学名列全国第一、一级学科中药学名列全国第三。 2012年第三轮全国高校学科评估结果发布，中国药科大学共有3个一级学科参评，2个学科排在前5位，其中，药学排在第三位，中药学排在第二位。

截止2013年，在职教职工1400余人，其中专任教师859人。专任教师中具有博士、硕士学位人员超过80%。现有中国工程院院士2人、德国科学院院士1人、“国家杰出青年科学基金”获得者3人、“长江学者”4人、“万人计划”1人、“国家级教学名师”2人以及其他各类高层次人才近222人次。

2000年，学校获国家级教学成果一等奖3项、二等奖8项，获省级教学成果奖32项；国家精品课程8门，江苏省精品课程30余门，国家级双语教学示范课程建设项目3门；入选全国普通高等教育“十五”、“十一五”国家级规划教材57种。学校建有国家理科基础科学研究和教学人才培养基地（基础药学点）和国家生命科学与技术人才培养基地（生物医药点），获批建设国家级人才培养模式创新实验区2个，是首批获教育部国家大学生创新性实验计划资助的高校之一。

中国药科大学是教育部最早指定接收药学学科外国留学生、进修生、高级访问学者的基地，也是接受华侨、港澳地区及台湾省学生的定点院校之一。先后与美国、英国、意大利、澳大利亚、日本、比利时、香港等多个国家和地区的27所学校和科研院所签订了校际学术交流协议，还同德国、法国、俄罗斯、韩国、瑞士、瑞典、加拿大等40多个国家和地区的院校及科研机构建立了学术上的联系，为世界57个国家培养博士、硕士、本科生和进修生。学校还与美国亚利桑那大学、圣约瑟夫大学开展本科生国际交流项目;与美国罗格斯大学开展本科生实训项目；与美国洪堡州立大学、宾夕法尼亚曼斯菲尔德大学、澳大利亚南澳大学等多所院校签订了本科生联合培养协议；与意大利卡拉布里亚大学开展本硕连读奖学金项目；与美国、日本、澳大利亚、意大利、丹麦等国家开展了多种形式的学生文化交流活动，其中，中国药科大学是首批受日本文部省邀请派遣学生访日的高校之一。

中国药科大学是教育部最早指定接收药学学科外国留学生、进修生、高级访问学者的基地，也是接受华侨、港澳地区及台湾省学生的定点院校之一。先后与美国、英国、意大利、澳大利亚、日本、比利时、香港等多个国家和地区的27所学校和科研院所签订了校际学术交流协议，还同德国、法国、俄罗斯、韩国、瑞士、瑞典、加拿大等40多个国家和地区的院校及科研机构建立了学术上的联系，为世界57个国家培养博士、硕士、本科生和进修生。学校还与美国亚利桑那大学、圣约瑟夫大学开展本科生国际交流项目;与美国罗格斯大学开展本科生实训项目；与美国洪堡州立大学、宾夕法尼亚曼斯菲尔德大学、澳大利亚南澳大学等多所院校签订了本科生联合培养协议；与意大利卡拉布里亚大学开展本硕连读奖学金项目；与美国、日本、澳大利亚、意大利、丹麦等国家开展了多种形式的学生文化交流活动，其中，中国药科大学是首批受日本文部省邀请派遣学生访日的高校之一。